鉱石好きの少年ソウゴ・アマギは、今日も鉱山跡で石を採掘していた。その時、不思議な色をしたギフトジウム原石を見つける。意気揚々と街に戻ったソウゴだったが、友人のカオンとロマンのケンカに巻き込まれ、地下深くにある地底湖の洞窟に迷い込んでしまう。恐る恐る洞窟の奥へと進むソウゴとカオン。するとそこには、巨大なギフトジウム原石が鎮座し……次の瞬間、２人が目にした驚きの光景とは――！？

青い髪の少女を狙うバイペダルアーマーと謎の巨人の戦いを逃れ、地底湖を脱出したソウゴたち。そして、気絶した少女をソウゴの下宿先のカフェに連れてくる。この少女は一体？ なぜ狙われていたのか？ 不思議がる一同をよそに、眠り続ける少女。疲れた様子のソウゴらに、カフェの主人のド・モンがタルトタタンを差し出すと…その良い匂いに誘われるかのように、ようやく少女が目を覚まして――。

朝から朝食の奪い合いで、ケンカするソウゴとモウラ。結果ド・モンを怒らせ、下宿先から追い出されてしまう。なぜか一緒に追い出されたカオンとフェリア。ふと、みんなで街へ出かけようと思いつく。街は、フェリアにとってはすべてが珍しく、“初めて”にあふれていた。そんな様々な経験に、楽しそうにはしゃぎまわるフェリア。そんなフェリアを、変態的な瞳で怪しく見つめる男がいて…！

ガーデン・インディゴに、約４０年ぶりに嵐が近づいているという。その天気予報を聞いてド・モンは慌てふためき、壊れた店の屋根の修理をせねばと思い立つ。そんなド・モンに対し、嵐を経験したことのないソウゴとカオンはのんきに構えていた。早速修理にとりかかるド・モン。フェリアもお手伝いがしたいと、モウラの目を盗みつつはりきり頑張る。しかし、嵐の黒雲は不気味に近づいて来ていて…。

何者かにさらわれてしまったフェリアの気配をたどりながら、荒野を走り、探しまわるソウゴとモウラ。そしてついに、フェリアが捕われていると思われる戦艦を発見する。近づこうとした瞬間、２人に向けられる砲撃。モウラはガーディアンに変身し対抗しようとするも、新たな機体・エフリートを駆り、狂気と歓喜に震えるガスが立ちはだかる……！

力が溢れ出してしまったフェリアを正常な状態に戻すには、『深淵の祭壇』と呼ばれる場所へ行かなければならない。そうモウラから聞き、すぐに『深淵の祭壇』へと出発するソウゴたち。途中、ガーデン・モーブという村に立ち寄ると、村中は結婚式のお祝いムード。思いもよらず、ソウゴとフェリアもその結婚式に参加することになる。その２人を、複雑な顔で見つめるカオン…。