太正八年、春。帝都・銀座ではある建設計画が進んでいた。時を同じくして蒸気機関の世界的権威『神崎重工』の川崎工場では量子甲冑の開発が進行していたが、失敗を繰り返していた。ある日、神崎重工の令嬢・神崎すみれが工場を訪れると測定器が壊れるほどの霊子を観測。試しに開発中の量子甲冑試作第一号機『桜武』にすみれが乗り込むと『桜武』は動き出し、暴走。しかし、これが量子甲冑開発と帝都防衛の第一歩になるのだった。
太正十一年一月。遂に発足した帝国華撃団・花組。米田総司令のもとに集まった紅蘭、カンナ、マリア、アイリスは、歌劇団としての舞台稽古もスタートした。同年五月、仙台の真宮寺家ではさくらが、帝都に行くのならば北辰一刀流奥義『破邪剣征・桜花放神』を会得せよと、何も書かれていない巻物を渡されていた。
「謎ノ乙女怪蒸機ヲ撃退ス！」花見ざかりの帝都では噂が広まっていた。帝国華撃団・花組に入団したばかりの真宮寺さくらは、舞台デビューを夢見ながら公演の手伝いをしていた。そんな中、ついに光武が完成。実戦訓練が行われるが、操縦ミスによりさくらが乗った光武が暴走。帝国華撃団の中にも不安感が付き纏い、隊長のマリア・タチバナも苦悩していた・・・。
花組の隊長に任命された大神一郎は花組と共に戦いを繰り返し、隊長としてのみならず、一人の人間として花組からの信頼を得ていた。しかし信頼されるあまり、皆からの期待に応えようと頑張りすぎた大神一郎は少し疲労困憊気味だった。それに気付いた花組のメンバー。ある日、大神から「僕も皆に夢を与えたい」と告げられたさくらは大神に、「舞台を自分で企画してみてはどうか」と提案する。
太正十二年。花組六月公演『シンデレラ』公演の大成功祝賀会。木の格好をした霧島カンナの司会で進行する中、かくし芸大会が開催。さくらは空中に投げられた竹を一閃。見事に盃に仕上げる抜刀術を見せ、会場を大いに沸かせた。一方マリアは難易度の高い銃技に挑戦するも失敗。一同は冗談と知り和むが、さくらだけはマリアの手の震えに気づいた・・・・・・
太正十四年・晩夏。秋公演「青い鳥」の稽古の合間に休息を満喫する花組一同。楽しそうに輪投げをするアイリスを見ながら「来てよかった」と安堵するさくらと大神。しかし稽古が再開されると、アイリスは次の公演『青い鳥』で主演を務めることの重圧から自分の犯したミスをレニに押しつけてしまう。そして翌朝、置き手紙を残してアイリスが行方不明になってしまう・・・。
