忍者の末裔である伊賀崎天晴 (いがさき たかはる) は、4年ぶりに実家の忍術道場に帰ってきた。そこで出会う、足軽に似た奇妙な化物たち。天晴はアカニンジャーへと変化 (へんげ) する! そこへ現れる妹、風花 (ふうか) と、父の旋風 (つむじ)。天晴のいとこ達も呼び寄せているという。一堂に会するいとこ達。イギリス帰りの八雲 (やくも)、最年少の凪 (なぎ)、大学生の霞 (かすみ)。旋風は語る。444年前に倒した戦国最恐最悪の武将、牙鬼幻月 (きばおにげんげつ) が、妖怪となって復活するという予言があるというのだが…。いよいよここに手裏剣戦隊誕生、…か?

牙鬼幻月 (きばおにげんげつ) との戦いで死んだと思われていた爺ちゃんが生きていた! 驚く天晴たちを、祖父･好天 (よしたか) は、新･忍術道場へと連れて行く。爺ちゃんが修業してくれるのか、と意気込む天晴だったが、好天は、どろろんと消えてしまう。後に残されているのは、五トン忍シュリケン。早速、修業を始める5人だったが…。

凪 (キニンジャー) は参考書で忍術を勉強していた。これまでもそうやって様々な資格を取得してきたらしい。ガマガマ銃の関知で、出動するニンニンジャーたち。現れたのは妖怪カシャ! カシャリラカシャリラ止めてみな!「傾向と対策はバッチリ!」と意気込んで向かうキニンジャーだったが…。やがて戦う彼らの前に、あきらかに雰囲気の違う敵が現れる。その名は、牙鬼家一番槍 蛾眉雷蔵 (がびらいぞう)!

今日も修業に励むニンニンジャーたち。チームプレーの訓練だったが、天晴が暴走して、台無し。一人だけ別修業となってしまう。「俺の何がいけないってのかなあ…?」考えても答えはすぐには出ない。祖父からの伝言、「忍タリティを高めよ! されば封印の手裏剣はお前たちの力となる!」も気になるところであるが…。

妖怪が出現! 駆けつけた先にいたのは、妖怪ウンガイキョウ。ユーモラスな顔をした妖怪は、子供たちに風船を配っているだけで、特に悪いことはしていない。どうしたものか…。そこへ遅れて駆けつける霞。大学の講義中で遅れたという。忍者との両立に苦労しているのでは、と心配した八雲は…。

忍術中間試験! 燃える天晴、クールにふるまう八雲、はたしてその結果は? 一方、アカニンジャーとの勝負をすっぽかされた蛾眉は、再戦の場を整えるよう、妖怪テングに指示した。テングは策略として、シロニンジャーを連れて行ってしまった! 助けようと急ぐ天晴の前に十六夜が現れる。祖父･好天もその場に来て…。いよいよ対峙する、十六夜VSラストニンジャ!