300年の時を超え、二代目柳生十兵衛の名を不本意ながらも継がされた女子中学生･菜ノ花自由。件の事件からしばらく後。平和な毎日を送っていた自由の前に、例の眼帯を持った少年が現れる。脱兎のごとく遁走し、学校へたどり着いた自由を待っていたのは、ロシア生まれの超美少女転校生･柳生フリーシャだった。
十兵衛の前に現れた謎の女剣士。その凄まじい剣技に十兵衛は追い詰められ、変身を解かれて意識を失う。次に自由が目を覚ますと、そこは自室のベッドの上だった。傍らには心配そうなフリーシャ。何だかよくわからないうちに菜ノ花家に居候を決め込んでしまったフリーシャだが、その瞳には冷徹な暗い炎が宿っていた。
番太郎と四郎からイケてるあんみつ屋に誘われた自由とフリーシャは、意気揚々と店へ向かう。そこに現れたのはシベリア柳生の喜多歩郎。自由の言葉に耳を貸さず、刀を振りかぶる。その時、自由を十兵衛に変身させるべく、ラブリー眼帯を持って駆けつけた謎の少年。自由はまたもや理不尽な戦いに巻き込まれてしまうのか?
ラブリー眼帯を自ら投げ捨てた自由は意識を失ってしまう。何とか家に帰りついた自由たちだったが、御影は自由の前に新たな脅威が現れたことを感じていた。元気を取り戻した自由は、ふと鯉之介から貰った笛を吹き鳴らす。そこにやってきたのは、あの少年･鮎之介。遠い昔に忘れ去られた約束が、自由の運命にのしかかる…。
日曜日。自由は彩と御影、フリーシャと街に繰り出す。彩と御影と別れ、買い物を始める自由とフリーシャ。そこに突然シベリア柳生の連中が現れ、フリーシャをさらっていってしまう。本剣越城へと駆けつけたものの、柳生十兵衛と縁を切った (つもりの) 自由は、シベリア柳生一族郎党に変身もせず立ち向かう!
シベリア柳生に囚われたフリーシャを助けるため、再度ラブリー眼帯を身に着けた自由。逃げても追って来る宿命に加え、実は彩が自作をサボってゴーストライター仕事をしていたという事実が判明。思わず家を飛び出す自由を追う御影、そしてフリーシャ。しかし、フリーシャには、黒い企みと秘められた過去があった…。
