古代に棲む恐竜が現代のバンクーバーに現れる。人を襲う危険な捕食生物を追い、時空の亀裂を調査すべく、ある市民による特殊部隊が結成される。プテラノドンがバンクーバーのダウンタウンでスカイダイバーに襲いかかる。一方、スタンレー・パークにはユタラプトルが現れ、訪れた旅行者が襲われる。発明家のエヴァン・クロスは、捕食生物のエキスパートのディラン・ウィアーとともに、古代生物らが時空を超えてやってくる時空の亀裂を発見する。この異常現象も、エヴァンにとっては初めてのことではなかった。6年前にアルバートサウルスに襲われた事件をきっかけに、エヴァンは亀裂研究を始め、これまで何度も世界を救ってきたのだった。

エヴァンとマックが先住民の街の近くの海に現れた大蛇の追跡に向かう。ディランは、エヴァンの特殊部隊に入隊すべきか、決断を迫られる。油田で働く2人の作業員の遺体が、海岸近くで発見される。それは巨大なウミヘビによるものであった。ディランは、その地域に住む未確認動物学を学ぶ青年・レオから大蛇の目撃情報を得る。レオは、それが先住民の間で信じられている伝説の生物”シシトル”に違いないと訴える。エヴァンは、マックとトビーとともに亀裂の探査機が指し示すポイントへ向かうと、そこでディランとレオに遭遇する。

ある貨物飛行機が飛行中に亀裂にのみ込まれ、姿を消したと聞きつけ、エヴァンとディランは乗員を捜索・救出すべく現場に向かう。2人は、亀裂の向こう側、古代に取り残された飛行機を発見するが、損傷したこの飛行機を使わなければ現代に戻れない。そこへ最悪なことに、肉食の巨大甲虫が彼らの飛行機を襲う。その頃、マックと警備員時代の同僚のサマンサが亀裂周りの警護を続けていると、そこに甲虫の女王が現れる。

廃墟となった列車車両倉庫に亀裂を発見したチームは、今回の敵がどんなものになるか想像もしていなかった。エヴァンとディランがまず現場に到着すると、倉庫に保管された古い列車の内部は、マリファナの製造施設と化していた。ブレイクとスキーザーという麻薬密売人に捕えられた2人は、亀裂から現れた恐鳥が今にも襲いかかろうとしていることを必死に訴える。

新入生歓迎会で盛り上がるキャンパスは、一人の生徒が凶暴なリカエノプスに襲われ、この招かれざる訪問者の登場に一帯は騒然となる。エヴァンのチームにより、リカエノプスは保護されるが、古代に帰す前に亀裂が閉じてしまう。悩んだエヴァンとディランは、トビーとマックが亀裂の出現を追っている間、捕らえた生物をクロス・フォトニクス社へ搬入することに。その頃、マックの彼女であるサムは、SPGのチームに加わりたいと訴え続けていた。

小さくも凶暴な肉食恐竜であるダエモノサウルスの群れが、亀裂を通ってホームセンターの倉庫に出現。店内を歩き回るが、当然、掃除機を買いに来た客ではない。エヴァン、ディラン、マックの3人は、荒らされた現場に着くなり、これは小型で知能の高い恐竜の仕業であると察知する。戦場と化した店内で小さな敵を見つけ出すのは難しく、もはや安全な場所などどこにもない。チームは何とか群れのうちの一頭を捕まえるが、すぐに逃げられてしまう。そして離れた場所にいたマックにより素手で捕まえられる。一方、エヴァンとディランはお互い、SPGの活動と私生活の両立に無理が生じていることに悩み始める