戦略上の要衝にある惑星を共和国の保護下に置く協定を結ぶため、ジェダイ・マスターのヨーダはクローン・トルーパー3名を率いて、ドゥークー伯爵の腹心アサージ・ヴェントレスの配下で圧倒的な数で優るドロイド軍と対決、ジェダイの実力を見せつける。
分離主義勢力の秘密兵器に艦隊を破壊され、ジェダイ・マスターのプロ・クーンと部下のクローン・トルーパー数名は、過酷な宇宙空間へ放り出される。アナキンとアソーカは、生存者を見つけることができるのか。
新型長距離用Yウィング戦闘機に乗り込んだアナキンは、パダワンのアソーカとジェダイ・マスターのプロ・クーンと共に出撃。恐るべき破壊兵器を備えたグリーヴァス将軍の戦艦マレボランスに対し、思い切った攻撃を仕掛ける。
パドメ・アミダラとC-3POがグリーヴァス将軍の手中に落ちる。囚われの元老院議員を救出し、マレボランスを完全に破壊するため、アナキンとオビ=ワンは戦艦内部に侵入する。
遠く離れた前哨基地がコマンド・ドロイドに奇襲される。クローンのキャプテン・レックスとコマンダー・コーディは、不慣れな新兵を率いて敵を撃退できるのか。
宇宙での激しい戦闘の中で、R2-D2の姿が消える。そのメモリに入っている共和国軍の軍事機密が分離主義勢力の手に渡る前に、アナキンは彼を捜し出さなくてはならない。
イアン・アバークロンビー
Chancellor Palpatine
コーリー・バートン
Count Dooku
ディー・ブラッドリー・ベイカー
Clone Captain Rex/Onaconda Farr/Clone Commander Cody
キャサリン・タバー
Padmé Amidala
アシュリー・エクスタイン
Ahsoka Tano