シリーズ第１話。パイク艦長の士官が宇宙艦隊の秘密任務中に行方不明となり、自主的に任務から離れていたパイク艦長が戻ってきた。

USSエンタープライズ号の調査任務中に、生命体が存在する惑星に彗星が衝突することが分かった。

USSエンタープライズ号が植民星への補給物資輸送中に、正体不明の凶悪な部隊に襲撃された。

スポックとパイク艦長が珍しい種族の異星人との重要な交渉の場に就くと、そこにもう一人のスポックが現れるという喜劇的な展開が待ち受けていた。

のどかな惑星で起きた脅威がパイク艦長と彼が過去に愛した女性を再会させた。パイク艦長は救助を申し出るが、同時に未だ解消されていない過去の感情と向き合うことになる。