不老長寿の秘薬“命のもと”を探す紋者博士は、その手がかりとなるモアという人物を、完成したばかりのタイムトンネルを使い5000年前から呼び寄せようとする。しかし、その情報を知ったアクダマンは、モアを先に呼び寄せてしまう。
命のもとが竜宮城のあるとにらんだ紋者博士は,タイムトンネルを使って浦島太郎に連絡を取ろうとする。そこへ変装したアクダマンが現れ,手がかりを奪われてしまう。
命のもとが創世記に書かれたエデンの園の禁断の木飲の実ではないかと考えた紋者博士だったが,またも手掛かりをアクダマンに奪われてしまった。ゼンダマンに変身した鉄ちゃんたちは,アクダマンを追ってバビロニア平原のアダムとイブの元へとタイムトラベルする。
紋者博士から命のもとの手がかりを奪ったアクダマンは古代日本へとやって来た。彼らは北ヤマタイ国のアクタヒコと手を組んで,南ヤマタイ国を侵略しようとする。
豊臣吉秀が幼い頃に授かった大切なものが命のもとではないかという情報を得たアクダマンは、戦国時代へ。幼き吉秀こと月吉丸は、蜂須賀大六に仕えていた。だが大六の命令を無視した月吉丸は、敵の武将に捕まってしまう。
例によって命のもとの手掛りとなる八字剣を,紋者博士からだまし取ったアクダマン。彼らを追ってゼンダマンは１２世紀のイエルサレムへとやってきた。そこで二人は少年八字軍を率いるフランクと出会う。
