ポール・アトレイデスが生まれる1万年前の世界。ヴァリア・ハルコンネンは、ある女子修道会に入り、修道院長にまで上り詰める。しかし初代の修道院長が、預言とも思える不吉な言葉を残していた。

体内から焼かれて命を失ったカーシャ。プルウェトが同じような死に方をしたため、ヴァリアはサルーサ・セクンドゥスへと向かう。ヴァリアは容疑者のデズモンドを尋問するが、彼に得体の知れない力を感じる。

ヴァリアとトゥーラにはグリフィンという兄がいたが、アトレイデス家の者に殺されてしまう。ハルコンネン家の名誉を奪ったアトレイデス家を憎んでいたヴァリアは、この事件によって更に憎しみを募らせる。

宮殿から追い出されたヴァリアは、一族の者の家に身を寄せ、復権するための計画を練る。プルウェトの死について噂が広がり、ヴァリアはそれを利用しようとする。一方、修道院では、修道女たちが悪夢を見始める。

皇帝の暗殺を阻止したデズモンド・ハートは、反乱軍の捜索に乗り出す。思惑のあるヴァリアはハロウを使って、デズモンドに反乱軍の手掛かりを教える。手掛かりを得たデズモンドは、本格的に反乱軍狩りを始める。

反逆の罪で拘束されているケイランを逃がそうとして、イネスは自分も捕まり監房に入れられる。イネスを帝位につけようと画策するヴァリアは、イネスを救い出すために、テオドシアを連れて自ら宮殿に乗り込んでいく。