萬天中学に通う六条壬晴は、クラスメイトの相澤虹一と英語講師の帷から、忍道部同好会への勧誘を受ける。ただでさえ何ごとにも無関心な壬晴は二人の話を無視。それでもあきらめず壬晴を入部させようとする帷は、「お前が殺されるかもしれない」と壬晴に詰め寄る。その午後、壬晴は、虹一と山背先生の戦闘に出くわしてしまう。伊賀忍・灰狼衆の手先である山背は、忍の世が生み出した秘術「森羅万象」を手に入れるために、灰狼衆とともに萬天にきていたのだ。灰狼衆の襲撃をきっかけに、壬晴の身の内に封印されていた「森羅万象」が覚醒する…！

すべてを思いのままに支配する力が自分の内に宿っている。それの事実を知ったにも関わらず、壬晴の希望は、秘術を自分からはがし取ってもらい、今までのような無関心生活に戻ることだった。壬晴の安全を考えて忍術を教えようとする帷たちに対しても、相変わらずの無関心ぶりは変わらない。そこに現れたのは、清水雷鳴。隠の世を見定める任務を負う侍である雷鳴は、隠の世を左右する秘術を所有する者の出現を聞きつけ、萬天にやってきたのだ。あまりにか弱く無関心な壬晴に対して不信感を抱く雷鳴だが、壬晴の意外な一面を知ることで、態度が軟化する。(C)鎌谷悠希／スクウェアエニックス・隠の王プロジェクト

帷たちを待ち受けていたのは、霧が晴れて、全容をあらわにしている風魔の里。そして、灰狼衆の襲撃により、傷つき倒れていた風魔忍たちだった。その不可思議な傷つき方に悪い予感を覚える帷。里を襲撃した灰狼衆の目的は、風魔忍に伝わる禁術書の奪取だった。灰狼衆を率いて里を襲った雪見和彦は、目的を果たし、帰還しようとしていた。それを阻むべく雪見に戦いを挑んでいく雷鳴。帷や虹一も、壬晴を守りつつ、灰狼衆と戦い始める。(C)鎌谷悠希／スクウェアエニックス・隠の王プロジェクト

壬晴たち萬天一行は、里に戻ってきた風魔忍の首領・風魔小太郎たちに保護され、傷の手当を受ける。壬晴たちを守ろうと宵風と戦った帷がもっともひどいケガを負っていた。壬晴は、宵風や灰狼衆の冷徹な攻撃、彼らにより傷つけられた風魔忍のことを思いだしながら、自分が忍同士の戦いに巻き込まれた事を実感する。翌日、壬晴と雷鳴、虹一の前に風魔忍が集合し、会が開かれた。小太郎は壬晴を秘術の保有者として紹介する。壬晴は、自分は秘術なんてほしくないと明言し、小太郎に対し、森羅万象を剥ぎ取って、自分のものにしたくないのかと問いかける。(C)鎌谷悠希／スクウェアエニックス・隠の王プロジェクト

壬晴、雷鳴、虹一は、ケガが重い帷を残し、萬天に帰ってきていた。中学校に隠された萬天忍に伝わる忍術書を処分し始める3人。風魔の禁術書のように、萬天に伝わる禁術書を灰狼衆が奪いにくる可能性を考え、帷が3人に早く処分するよう頼んだのだ。その日、学校から帰った壬晴を、祖母のお好み焼き屋で待ち受けていたのは、秘術を手に入れるために自分を襲った山背だった。祖母が出かけ、ふたりきりになった店の中で、山背は壬晴に対し、秘術の力を使って、自分の願いをかなえてほしいと懇願する…。(C)鎌谷悠希／スクウェアエニックス・隠の王プロジェクト

雷鳴と虹一の前から、壬晴が姿を消した。気羅使いの宵風が壬晴を連れ去ったのだ。それを知り、取り乱し、自分の至らなさを責める帷。その頃、壬晴は、宵風とともに、町から離れた山の中に居た。竹やぶに囲まれた廃電車の中で、宵風は壬晴に、森羅万象の力を使い、自分の願いをかなえてくれと迫る。(C)鎌谷悠希／スクウェアエニックス・隠の王プロジェクト