第1話：ヒミツキチに憧れるヒロトは家の倉庫で、ニンジャでニンチューバーの少年・トンカチと出会う。『ニンジャボックス』の存在を知ったヒロトは無理やり、『タテマクリの里』に連れていかれる。そこには喋る犬の「タテゾウ」が！／第2話：ヒミツキチづくりに超ハマったヒロト。しかし、せっかく作ったヒミツキチが「メガホン」というニンジャにいきなり壊される。そして、トンカチとメガホンは決闘ルーレットで勝負することに！ 果たして決闘ルーレットとは!? [ショート][SF/ファンタジー]

第3話：ヒミツキチにドリンクバーが欲しいと言い出すトンカチ。ニンジャボックスでドリンクバーを作るには『ヌケニン』が必要だという。そんな二人が街で見つけたのは炭酸を噴き出す謎のニンジャ、その名も「タンサンマン」だった！／第4話：街で偶然出会った焼き鳥を焼いているニワトリの姿のヌケニン。彼の名は「コケにぃ」。壊れたヒミツキチを直してもらおうと、トンカチはコケにぃに勝負を挑む。勝負の内容は『バイト対決』。トンカチはコケにぃに勝てるのか!?

第5話：トンカチは町で偶然出会った、車になりきった走り屋ヌケニン・ダッシュ乱豪に一目ぼれ！ 彼を仲間にする為、100ｍカーレース対決を挑む！ さらにもう一人！ 謎の穴ほりニンジャ・ホルゾウも登場！ ホルゾウの能力とは一体？／第6話：ニンジャボックスを狙ってやってきた3人組サンシャインズ。彼らを送り込んできたのは『ブッコワ社』という大企業。初めての敵キャラに対して、トンカチたちはお見合いパーティー対決を挑む！ 物語の衝撃的な結末（？）…これで本当に終わりなの？

シーズン2 第1話：『ニンジャボックス』で『ヒミツキチ』を超豪華にしたトンカチとヒロト。そこに、トンカチとメガホンの幼馴染であるポンプがやってきた！ しかし、ポンプはとあることが原因で、ヒミツキチ内で大暴走を始める！／シーズン2 第2話：ニンチューブの動画再生数が伸びないことにいら立つトンカチ。参考にしようとみた動画に映っていたのは超人気ニンチューバーのポカキンだった。激しく対抗心を燃やすトンカチはポカキンに動画勝負を挑むことに。

シーズン2 第3話：ワナづくりにハマりすぎて、『ヒミツキチ』をワナハウスに改造したトンカチ。そこへニンジャボックス強奪を狙うサンシャインズが…。サンシャインズvsワナハウス！ 勝つのは果たしてどっちだ!?／シーズン2 第4話：『ヒミツキチ』にケーキ屋さんが欲しいと言い出すトンカチ。しかし、『ヒミツキチ』に突如オープンしたのは…うどん屋さんだった！ さらに、トンカチたちの前には謎のUDONニンジャが現れる！ 果たしてこのニンジャの目的とは？

シーズン2 第5話：突如、『ヒミツキチ』が停電!? そこに現れたのはブッコワ社が送り込んできた刺客・ジュー機ーズのドリル皇帝だった！ 未だかつてない危機に見舞われるヒロトたち。そのピンチに颯爽と現れたのは…!?／シーズン2 第6話：ポンプのおかげで『ヒミツキチ』にアンテナが立った。そのおかげでヒミツキチではオンライン対戦が出来るようになり、ナゾのニンジャたちが攻めてきた！ 果たしてオンライン対戦とはどんなものなのか!?