ある病院で入院患者が幽霊になった。この原因究明を託されたのが会社員の水木。調べていくと“幽霊族最後の生き残り”と称する夫婦に行き着いた。しかもその幽霊族は、死に瀕しながらも妊娠しているという。会社に真相を報告するべきか迷っていると、「病院にいた幽霊が死んだ」との連絡が入った…。

永い眠りについていた夜叉の墓が暴かれた。時を同じくして、吸血鬼ドラキュラが日本にやってきた。夜叉と吸血鬼がひとりの獲物を奪い合う! その獲物とは、ある会社の社長、水木に幽霊患者の原因究明を命令した張本人であった。行方不明になった水木のせいで、社長は倒産寸前の憂き目にあっていた。

地獄から戻ってきた水木。そんな水木とひょんなことから出会った歌手･トランプ重井は、鬼太郎という不吉な子供 の存在を知る。ある夜、ねずみ男が重井に吸血木の種を植えた。人間が木になるという種で、ねずみ男はこの種で金儲けを企んでいた。怯えるトランプ重井の身体は、次第に木になっていく…。

鬼太郎が恋心を抱く女の子･寝子。鬼太郎には怪しい影が忍び寄っている。誰かが鬼太郎を貶めようとしているのだ。寝子の夢である歌手への道。鬼太郎はそれを実現させるために尽力する。トランク重井の支援もあり、一気にスターに上り詰める寝子。しかし、何者かが寝子のステージにドブネズミを放つ。

鬼太郎の初恋の相手･寝子が死んだ。失意の底に落ちた鬼太郎は寝子に会いに地獄に行こうとするが、何者かにチャンチャンコを盗まれる。犯人はニセ鬼太郎だ。そのチャンチャンコで地獄をさまようニセ鬼太郎は、ねずみ男と画策して大金をせしめようと企む。目玉親父は地獄を訪れ、寝子を連れ戻そうとするが…。

鬼太郎は神と崇められている水神様を侮辱する。鬼太郎を追って東京にやってきた水神は近代社会を大パニックに陥れる。しかも水神は“水”なのでどこに潜んでいるのか分からない。鬼太郎はなすすべもなく…。