東京武偵高に通う遠山キンジは、登校中、自動銃座とスピーカーを備えた無人電動二輪車に襲われる。自転車に爆弾が仕掛けられていると人工音声が流れ、絶体絶命のキンジだが、そこにアリアが空から降ってきて…。

アリアは「自分のパートナーになれ」と迫るが、キンジはそれを断る。しかしアリアは承諾するまでキンジの部屋に居座るとまで言い出す。アリアがどうしてそこまで自分と組みたがるのかがわからず、キンジは戸惑う。

アリアと一回だけ一緒に組む約束をしたキンジ。そんな折、武偵高の生徒を乗せたバスが、「武偵殺し」にジャックされる事件が発生。「武偵殺し」に強い敵意を抱くアリアは、キンジと共に生徒たちを救おうと動き出す。

街でたまたまアリアと会ったキンジは、彼女について留置場の面会室へ。そこには、冤罪により864年もの懲役を求刑されているアリアの母がいた。アリアは「武偵殺し」を逮捕して、母の減刑を勝ち取ろうとしていた。

キンジとアリアは、ジャックされたロンドン行きの飛行機内で「武偵殺し」と戦うが、アリアが気を失い一時撤退することに。副作用で興奮状態からなかなか覚めないアリアを落ち着かせようと、キンジは彼女の唇を奪う。

大物超偵をねらう誘拐魔デュランダルが白雪をねらっていることを、キンジとアリアは知る。母親に罪を着せた敵を捕らえるチャンスとアリアは白雪の護衛を申し出るが、白雪はキンジも一緒ならとその提案を受け入れる。