星歴4044年。地球人のカリ王女によって結成された宇宙反乱同盟軍と爬虫類人の秘密結社・アルコン軍は、激しい戦いの末、終戦を迎える。銀河は平和を取り戻していたが、そこに突然、人類とサメのDNAを掛けあわせた戦闘マシン・メガドロンが出現する。