イリヤスフィール・フォン・アインツベルンこと、イリヤは冬木市に住むごく普通の女の子。ある日の夜お風呂に入っていたら、うさん臭い魔法のステッキ「マジカルルビー」が突然飛び込んできて、イリヤを魔法少女に仕立てようと勧誘してきて…!?

巻き込まれるままに魔法少女になってしまったイリヤ。なってしまったことは仕方ないと、前向きに魔法の練習をしようとするが、結局ルビーにいじられて終わるだけになってしまう。そんな魔法の使い方もわかってないイリヤに初の任務が課せられることに。

初の任務中に陥ったピンチで登場した謎の少女・美遊。美遊はイリヤのいる学校に転校してきたが、クラスメイトと溶け込むこともなく、イリヤとも共同で戦うことに否定的な態度をしめす。だが、美遊の引っ越してきた先はイリヤの家のすぐ近くで…!?

イリヤと凛、ルヴィアと美遊の2組は、新たなカードを回収するためにやってきた河原でキャスターと対決する。上空にいるため、攻撃が届かないキャスターを倒すために飛ばなければならなくなったイリヤと美遊。イリヤは簡単に飛べたが、美遊は苦戦するのだった。

突如現われたセイバーによって攻撃を受けるイリヤたち。不意をつかれて負傷した凛とルヴィアを助けるため、イリヤと美遊は共同で戦う。だが、戦い慣れていないイリヤではセイバーの相手は難しく、窮地に陥ってしまう。そんな時、ルビーが考えた策とは!?

凛とルヴィアによる攻撃でクラスカード・セイバーを倒せたかに見えた。しかし、セイバーに致命傷は与えるまでに至らず、逆にセイバーの宝具「エクスカリバー」による反撃を受けてしまう。かつて無いほどの凄まじい威力を誇る攻撃を受けたイリヤに異変が起きて…!?