フルメタル・パニック！

世界最強といわれる特殊部隊「ミスリル」。その組織に所属する相良宗介は、あらたな任務として、陣代高校に通う女子高生、千鳥かなめの護衛を言い渡された。早速、任務遂行のため、転校してきた宗介だが、平和な日本で戦争ボケをかましまくり、逆に変人扱いに…。

何とか、千鳥かなめの護衛任務をこなそうとすればするほど、空回りしてしまう宗介。宗介とタッグを組むことになったメリッサ・マオ、クルツ・ウェーバーの二人も宗介に振り回されっぱなし。そんな中、学校帰りのハンバーガーショップで、怪しい人物がかなめを狙っていた！？

ようやくかなめと仲直りし、いい関係になれた宗介。護衛任務も快調。本当にかなめを狙う組織が存在するのか？と、疑問に思いかけていた矢先、かなめの自宅に侵入する人影が！早速、侵入者を捕らえるべく出動した三人だが、これがまたかなめとの関係をぶち壊す大変なことになるのだった。

前回の事件で、またまた不仲になってしまったかなめと宗介。そんな中、陣代高校は沖縄へ修学旅行に行くことになった。当然、同行する宗介。せっかくの修学旅行にもかかわらず、飛行機内でもかなめは無視、無視・・・。さあ到着後関係を修繕しよう、と思いきや、到着した場所は沖縄とは似ても似つかない場所であった！

ハイジャックされたかなめたち陣代高校生の面々。実はハイジャック犯はかなめを狙う連中だった。実験体にされそうになったかなめを危機一髪救出する宗介。その後、ASサベージを操り、脱出するものの、行く手を阻む未確認ASが・・・。そこから木霊する声は死んだはずの宿敵、ガウルンだった！！絶体絶命の二人！

ガウルンのAS「コダール」との激戦の末、九死に一生を得たクルツ。かなめと宗介にやっとの思いで合流したそのとき、宗介自身もかなりの傷を負っていた。二人の負傷者を抱えたかなめ。自分たちが足手まといだとする宗介は、かなめだけでも逃げるように諭すのだった。