BLAZBLUE -ALTER MEMORY-

A.D.2199 Dec。未だ開発途中の第十三階層都市カグツチに突如として現れた男『ラグナ＝ザ＝ブラッドエッジ』。SS級の犯罪者にして史上最高金額の賞金首、『死神』と呼ばれるラグナの右腕には最凶の蒼の魔道書が宿っていた。統制機構の奥底に存在する窯へ向かうラグナ。彼の目的は窯から生まれる少女を止める事だった。愛おしそうにラグナを見つめる少女にラグナは言い放つ。「殺すんじゃねぇ、壊すんだ」

ラグナの前に立ちはだかる白い男・ハクメン。ラグナの魂が恐怖に震える。そんなラグナへ容赦なく攻撃して来るハクメン。一方、諜報部のハザマと行動を共にしていた統制機構第四師団所属のノエル＝ヴァーミリオン少尉はカグツチ支部内の異変を感じとる。「なんか変…！」 ざわつく胸がノエルの背中を押す…。

蒼を継承したノエル。そしてノエルに観られ、本来の力を取り戻したハザマはユウキ＝テルミへとなる。ラグナを挑発するテルミ。テルミへ憎悪を向けるラグナ。しかしレイチェルはラグナを制止する。「事象が変わった今、貴方じゃ万に一つの勝ち目もないわ」 淀んでいた時間が流れ、世界が動き出す。ラグナとノエルを求め、すべてがカグツチに集まり始める…。

カルルとの戦いで受けた傷をカカ族の村で癒すラグナ。レイチェルはタカマガハラと呼ばれる空間で、人の手により創られた存在達と会う。世界を思い通りに動かそうとするそれらに、ラグナの価値を凛と語るレイチェル。一方、ノエルは旧友マコトに再会。喜んだのもつかの間、マコトの口から告げられた真実は、大事な友達であるツバキに関することだった。「ねえ、ノエル。ツバキがいまどこに所属してるか、知ってる？ 」

術式で世界を制しようとしている世界統制機構。科学で世界を変えようとしている第七機関。二つの大きな組織が動き出した。目的は蒼の継承者であるノエルと蒼の魔道書を持つラグナ。そんな中、第七機関の研究者・ココノエはノエル確保のため、独自に計画を立て、テイガーをカグツチに送り込む。一方、当のラグナとノエルはタオカカの提案である場所にいた。「ここがカカ族の秘湯『カカ温泉』ニャス！」

ココノエに創られ、テイガーによってラグナの目の前に召還されたラムダ。ニューと同じ顔をしているラムダに驚きつつ戦うラグナ。そしてノエルはツバキとジンを探し、一人カグツチをさまよう。一方、ジンは正義の咎追い・シシガミ＝バングと出会う。バングはジンを殿の仇と呼び、襲いかかるがジンはあっさりと倒されてしまう。「こやつ…手負いか…」 バングは倒れたジンを連れて浪人街に戻って行く…。