西暦2000年、発展を遂げた人類の科学は、夢のエネルギー"G反応機関"を利用した輝かしい時代を迎えていた。そんな中、ビリーとペニー、ロッタの3人は、列車が目の前で虹色に輝く光に包まれて消える事件に遭遇する。事件を追うビリーとペニー。調べると、世界各地で同じような蒸発事件が続発しているという。その事実は一般には伏せられ、人々はその脅威を知らずに過ごしていたのだ。国連は、原因究明のために極秘の地球防衛組織「迷宮機関」を設立し、その脅威に立ち向かう。これは、偶然にも迷宮機関と行動を共にすることになったビリー・キムラとペニーカーターが、謎の宇宙人と戦いを繰り広げる、超特作科学冒険物語である。