2080年､砂漠を一人旅するハル(松本利夫)30歳｡そんなハルの前に少年が現れ､｢金目のものを出せ｣と銃口を向けた｡しかし､ハルは一切動じず､その少年に語りかける｡｢私は今､国中の人間の命を背負っている｣と｡やがて､ハルはその少年に " ある1人の少女 "について語り始めた･･･｡ 西暦 2060年｡ 南田信男(杉崎真宏)､ユキ(澤口夏奈子)､ハル(10歳･石井蒼月)が一家で朝食をとっていると､南田家の扉が激しくノックされる｡顔色を変えた信男はハルに｢ある手帳｣を手渡し､ハルに隠れるように告げた｡その直後､南田家に入ってきた男たちによって信男とユキは撃ち殺されてしまう｡その現場を隠れながらも見てしまったハル｡男たちの足跡が自分へと近づき絶体絶命の状況に陥ったとき､再び銃声が鳴り響く｡ハルが恐る恐る目を向けると､そこには銃を手にした少女･アイ(川島海荷)の姿があった｡ ハルは､家を出て行ったアイを追いかけるが､途中で見失ってしまう｡途方に暮れるハルの目の前へ白衣姿の女性･片桐薫(三田佳子)が現れ､ハルを｢ラスト･ガーデン｣に連れて行くようナルキ(中野裕太)に指示をする｡ ｢ラスト･ガーデン｣ に連れてこられたハルは､シオン(綾野剛)とアイに対面することに｡ アイによって仕留められた男たちは､中国系マフィア ｢星龍｣ の人間であった｡その現場を捜査する須藤善二(駿河太郎)と新人刑事の真中祐一郎(荒木宏文)｡しかし､須藤は｢この事件について警察が出来ることはない｣ という｡その言葉を聞いた真中は納得がいかず､行方不明になっているハルを探しに行くが･･･｡

中国系マフィア｢星龍｣たちによって絶体絶命の状況に追い詰められたハル(石井蒼月)だったが､その場に駆けつけたアイ(川島海荷)が一人残らず星龍の者たちを仕留め､難を逃れる｡しかし､その場にもう一人駆けつけた者がいた｡それは刑事の真中(荒木宏文)だった｡アイと真中は互いに銃を構え､一触即発の状況に･･･｡その状況を不安そうに見つめるハル｡パトカーのサイレンが徐々に近づく中､真中は銃を降ろし､アイにある重要な一言を告げ､アイとハルをその場から逃がす｡ 真中によってその場から逃れたアイとハル｡そこにはシオン(綾野剛)とナルキ(中野裕太)がおり､難を逃れたアイにホッと胸をなでおろすナルキとは対照的に､シオンはアイのとった単独行動に怒りを露にし､片桐(三田佳子)が呼んでいることを告げる｡ 自分の取った単独行動の罪深さに恐る恐る片桐の下へと向かうアイ｡しかし､片桐はそんなアイに意外な言葉を投げかける｡ 一方､ラストガーデンの一員となったハルは､ラストガーデンの根幹である自給自足の生活を送るため､食料の調達に仲間と共に出かけるのだが･･･｡ そして､ついに片桐から下された｢星龍｣のボス､イム･シャオガン(本田博太郎)の暗殺指令｡シオンからの指示通り､星龍の者達を仕留め､一歩一歩シャオガンに近づくアイ｡しかし､シャオガン暗殺のため最後の扉を開けたアイを待ち受けていたのは､ラストガーデンを裏切った､アイの最大のライバル･ラン(竹富聖花)であった･･･｡

片桐(三田佳子)によってついに下されたイム･シャオガン(本田博太郎)暗殺の指令｡ アイ(川島海荷)は､シオン(綾野剛)の指令の下､一歩一歩シャオガンへと近づき､ついにシャオガンの下へと辿り着く･･･｡しかし､そこにはシャオガンの姿はなく､待ち受けていたのはかつて｢ラストガーデン｣に所属しながら､自らの意思で｢星龍｣に寝返ったアイの永遠のライバル･ラン(竹富聖花)であった｡ アイとラン､激しくぶつかり合う2人｡ランを裏切り者として激しく追い詰めるアイだが､ランもアイに対して｢お前は騙されている｣と意味深な言葉を残し､応戦する｡ 2人の一歩も引かない戦いが続く中､真中(荒木宏文)が現れ､事態は急変する｡2人を止めるためにその場に駆けつけた真中だったが､｢星龍｣のイム･プーシェン(森宮隆)の返り討ちに遭い､アイと共にその場に閉じ込められてしまう｡ 一方､シオン､ナルキ(中野裕太)はアイ救出のために別々に動き出していた｡次々と｢星龍｣たちを仕留めるシオンだったが､待ち受けていたある人物の登場により事態は一変｡シオンの禁断の過去が明らかに｡ また､ナルキは暗殺者として再び生きたいという思いを片桐にぶつける｡そんなナルキに対して片桐はある指令を出す｡その指令とは･･･｡ 絶体絶命の状況に陥ったアイと真中｡そんな状況の中､真中はある事実をアイに告げ､決して交わることのなかった2人の間にある思いが芽生え始める｡

星龍によって､真中(荒木宏文)と共に冷凍庫に閉じ込められたアイ(川島海荷)だったが､ギリギリのところで シオン(綾野剛)に助けられる｡シオンはアイにつきまとう真中に苛立ち､同時に暗殺者としてのアイを滅ぼすだけでなく､｢ラストガーデン｣にも影響を及ぼしかねないと危険を感じていた｡絶対的なボスである片桐(三田佳子)も､その危険をいち早く察知し､ついにアイに真中暗殺の指令を下すようにとシオンに告げる｡ 一方､アイは､真中に教わった｢愛｣という字を見る度に心の奥につっかえる何かを感じていた･･･｡ そんなある日､シオンから｢真中暗殺｣の指令が下る｡今まで感じたことのない感情が芽生え､真中暗殺の指令に苦悩を抱くアイ｡そんなことは知らずにアイに近づく真中は･･･｡

片桐(三田佳子)から出された真中(荒木宏文)暗殺命令を遂行できなかったアイ(川島海荷)｡文字を教えてもらうためにシオン(綾野剛)の目を盗み､真中と会うようになる｡そんな中､対抗する組織｢星龍｣が手帳を狙ってハル(石井蒼月)を襲う事件が発生｡自分を責めたアイは真中から離れる決断をする｡ 一方､孫継星(波岡一喜)が来日し､食糧庁長官(草刈民代)と日本に不利な契約を結ぼうとしていて…｡

アイ(川島海荷)が真中(荒木宏文)に字を教わっている間に､ハル(石井蒼月)は｢アルカナの種｣の重要な手がかりが記されているノートを星龍に奪われてしまう｡その星龍の傍らには､ナルキ(中野裕太)の姿が･･･｡自分の失態から､ハルを狙われてしまったアイは､もう二度と真中に会わないと心に決める｡ 一方､草壁(石丸幹二)からアイについて重要な事実を得た真中は､アイにそのことを告げられず､途方に暮れていた｡ そんな中､星龍が裏で手を引く九星商社と食糧庁による｢食糧独占輸入調印式｣の準備が､着々と進んでいた｡調印式が行われる前に片桐(三田佳子)からアイに下された指令｡それは､九星商社のスン･ジーシン(波岡一喜)と､食糧庁長官の 兵藤眞理(草刈民代)の暗殺だった｡ 迎えた調印式当日｡アイは､シオン(綾野剛)とともにターゲット暗殺のために調印式会場に乗り込む｡一歩一歩ターゲットに近づく中､アイの目の前に現れたのは･･･｡