斎東高校に通うフツーの高校生、北条遥都は家が教会だからという理由で聖徒会の会長にされてしまう。聖徒会とは“校内の怪奇現象に貢献!?している学校霊のより良い学校生活の支援を仕事とする”怪しげな団体！ 遥都のほかに執行部員メンバーとして神社の娘の朝比奈睦月と寺の息子の龍道和御というこれまた怪しげな面々を取り揃えていた。理事長から7つのバッジを集めると願いが叶うという話を聞いた遥都は「聖徒会長を辞める」という願いを叶えるため早速バッジ集めに乗り出すが…。

聖徒会長として学校霊が過ごしやすいよう気遣ってばかりいるため、気持ちの安らぐときがない遥都。「霊とは無関係のふつうの学生生活が送りたい」と願う彼は、学校ごと除霊してしまえばいい！と思いつき霊媒師に電話をかけまくる。ところがこの学校はどんな霊媒師も裸足で逃げ出すほどの大霊場、誰も依頼を受けてはくれそうもない。こうなったら自分でやるしかない！と決意した遥都は牧師である父から秘術を授かり、自ら除霊しようと校庭に魔法陣を引き始めるが…。

学校の前に佇むカワイイ女の子をナンパしようとした和御は、その子に「あなたの体貸してください」と言われていきなり憑かれてしまう。彼女は羽奈子という名の浮遊霊で、死ぬ間際に彼氏から「オレと一晩つきあってくれ」と言われたことが心残りで成仏できずにいるのだ。「ということはオレの体で彼氏とあんなことやこんなことを!?とんでもない!!」と抵抗する和御だったが、彼氏の名前を聞いた睦月は和御に無理矢理羽奈子の霊を憑かせようと画策。羽奈子の彼氏は睦月お気に入りの小学生のお兄さんだったのだ。

女生徒の悲鳴を聞きつけ、視聴覚教室に向かった遥都は突然足下に広がった空間のゆがみに飲み込まれてしまう。続いて理事長室の前を歩いていた睦月、和御、二の君の足下にもゆがみが広がり彼らもその中に。次の瞬間、遥都、和御、二の君の3人はなぜか聖徒会室に戻るが睦月だけは行方不明のまま。3人が睦月を探して理事長室まで戻ると、そこには見たことのない古い机と椅子が置かれていた。机を調べようとして再び机の中の空間のゆがみに飲み込まれる3人――気づくとそこは寒くて暗くて古い学校の廊下だった。

なぜか疲労気味の遥都は、美術室での悪霊退治で学校霊を召還した後、気を失って倒れてしまう。保健室のベッドで目を覚ました遥都は、カーテン越しに理事長たちが「このまま無茶を続ければ卒業までもたないだろう」と話しているのを聞き、それが自分の寿命のことだと思い込む。目の前真っ暗で遥都が聖徒会室に戻ると美術室の学校霊・武田一郎が待っていた。さっきの悪霊退治で自分が描いた漫画原稿が紛失したと言う。そこへズドンと号砲が。一郎が漫画に描いたモビルタンクが悪霊によって実体化したのだ。

テレビ番組「学校霊ベストテン」が人気連続NO.1のトイレの花子さんのインタビューを伝えようとした途端、烈しい打撃音とレポーターの悲鳴が。そしてトイレの壁には『ヤミ子参上！』という血文字が映し出される。15年前、花子さんとの対決に破れ、消息不明になっていたヤミ子が帰ってきたのだ。打倒花子を目指して世界各地で特訓を重ねてきたヤミ子は遥都と胸の召還バッジを人質に花子に対決を申し込む。いざ試合開始、かつてない壮絶なお色気バトルが幕を開ける！