この世界は、科学と魔術が存在する世界。エリート魔術師養成学校・葵学園に通う式森和樹は、成績、運動、魔法回数、どれをとっても平凡以下の落ちこぼれ生徒である。そんな女の子にも見向きもされないダメ男の前に三人の美少女が現れる。転校生の宮間夕菜、葵学園二大美少女の風椿玖里子と神城凜。彼女達の目的は、ズバリ和樹の「遺伝子」である。
相変わらず繰り広げられる夕菜、玖里子、凜の遺伝子争奪戦は、担任の伊庭かおりの提案により、クラス全員を巻き込んだ形に発展していく。激化する状況に嬉しさを覚えながらも複雑な気持ちで逃げ惑う和樹。だが、そんな和樹を助けた自称｢友｣の仲丸から和樹は厳しい現実を突きつけられる。
和樹の部屋に同居しようとやってくる夕菜。頭を悩ませる和樹の前に、住んでいた洋館を風椿不動産に追い出された幽霊少女エリザベートが引っ越してくる。和樹達は彼女の洋館を取り戻すため、玖里子の元に赴くが、遺伝子を交換条件とされ退散してくる。そんな和樹達にエリザベートは出て行く代わりに一つの条件を差し出す。
伝説の召喚獣｢ベヒーモス｣に襲われる悪夢を毎晩見る和樹。夕菜の助言で保健教諭の紅尉晴明に相談を持ちかけたところ、それは予知夢で近い内に夢と同じ体験をすると言われる。そんな中、最近校内で噂の“謎のうめき声”の真相を確かめようと、玖里子に誘われた和樹は、夕菜、凜と共に校内を散策するハメになる。
真夜中、彩雲寮に鳴り響く奇怪な物音。不審に思った和樹が、夕菜と寮内を散策すると、調理室の前にいる玖里子と出くわす。奇怪な物音の正体は、神城凜が料理をしていた音だった。今度転校する生物部部長の難波光明に、手料理のお弁当をプレゼントしようとしていた凜は、慣れない作業に苦戦を強いられていて…。
寮の電話で話をしている和樹を見かける夕菜達は、今度の日曜日に和樹の両親がやってくる事を知る。両親に妻と認めてもらうため、三人はそれぞれの最良のお持て成しを企てていた。次の日、玖里子に問い詰められた和樹から、両親の好物が、｢うな重｣である事を知る夕菜。妻として認めてもらおうと頑張る夕菜であったが…。
