大正十二年・初夏の太陽眩しい東京駅に降り立つ前田義信を迎えにきたのは第十六特務隊の森山だった。森山は中島中将の命令で前田を月島の施設へと誘った。前田がそこで見たものは、女王サロメの台詞を高らかに放つヴァンパイアの姿だった。ヴァンパイアは帝劇の舞台女優の岬であり、彼女をこのようにしたヴァンパイアが何者なのかを前田は追い始める。だが捜査の中、前田の耳に岬が月島から脱走したと連絡が入って――。

栗栖秀太郎と山上徳一は、遠征したシベリアの地でヴァンパイアとなった。彼らは人間としての生を終え、ヴァンパイアとして第十六特務隊の零機関へと編入される。そこにはヴァンパイアのマッドサイエンティストのタケウチ、見た目未成年のスワ、そして隊長である人間、前田義信大佐の姿があった。帝都に増えつつあるヴァンパイアの脅威を退けるべく市内へと調査に向かったのはヴァンパイア専門の口入れ屋の天満屋だった――。

ヴァンパイアとなった栗栖秀太郎は社会的には死んだことにされていたがその実感がなかった。また山上も家族に死亡通知が届けられている事実を受け止めてはいるものの人間であった日との決別ができないままだった。浅草の鬼灯市を見ながら、山上は妻である富子との思い出を栗栖に語り、けじめをつけるためにも別れの言葉をかけたいと呟く。栗栖はヴァンパイアならではの『夢枕作戦』を実行に移し、山上と共に富子のもとへと向かう。

夜の練兵場に緊張の面持ちで村田刀を握る栗栖と相対する前田。迷いのある栗栖に前田は、甘さは仲間を滅ぼすと厳しく言い放つ。吉原で遊女のヴァンパイアに殺された変死体が発見され潜入捜査に乗り出す栗栖たち。狙いは変死体の遊女が居た大店の長夜楼だった。潜入したスワは、そこで一人の遊女、明里に出逢う。明里はスワに自分の簪（かんざし）を渡し、ある約束を請う。ひとときの安らぎが訪れる中、ヴァンパイア発見の知らせが舞い込む。

吉原に流れていたアスクラの出処が横浜の赤レンガ倉庫であることを掴んだ特務隊はそこに潜伏するヴァンパイアを殲滅すべく総攻撃をかける。だがその作戦を指揮するはずの前田は病床にあった。隊長不在の中、海から横浜上陸を狙う零機関の面々。赤レンガに奇襲攻撃をかけ、陸上で待機する特務隊との挟撃作戦だった。それを立案した前田のためにも成功させると意気込む零機関だったが、作戦開始直後、思いもよらぬ事態に遭遇する。

大正十二年九月朔日。太陽の光の届かない帝都の地下、下水道の中を特務隊本部目指して進む栗栖と山上。横浜に現れた金剛鉄兵はいったい何者なのかを中島に問うためだった。一方、スワとタケウチは横浜から撤収する金剛鉄兵たちの後を追いかけて月島に辿り着く。そこで多数の棺桶に語りかける中島を見てタケウチはひとつの結論を導き出す。特務隊本部へと辿り着いた栗栖と山上は作戦室の前で軍刀を手に中島を待つ前田と出会う。