ここ臨海学園では、サッカー部キャプテン・ひびき洸による特訓が続いていた。突如起こる大地震。世界中で天変地異が始まった。古代からの脅威、妖魔帝国が甦ったのだ。洸の心に謎の声が響く『目覚めよ勇者、ライディーンが待つ。運命の時が来た』天空から走る雷光が洸を撃つ。導かれるまま海に出た洸は怪物ドローメ、大魔竜ガンテの攻撃にさらされる。彼の危機を救ったのは海中から出現した黄金の巨像『ライディーン』であった。
妖魔帝国は地の底より化石獣バストドンを呼んだ。「命授けよ!」神官ベロスタンの声に応じて獣化するバストドン。帝国の支配者・バラオの息子プリンス・シャーキンはバラオ像に悪魔の時代の完成を誓った。バストドンはライディーンを倒すため出撃する。洸は攻撃を再開した妖魔帝国と闘うためライディーンに再びフェードイン、必殺技ゴッドゴーガンでバストドンを退ける。洸は選ばれた勇者としてライディーンと共に戦う決意をするのだった。
シャーキンはムートロンの謎を解明するため、石化して洞窟に捕えていた洸の父・一郎を満月の夜に訪ねる。月光が射すと一郎の首だけが石化から解ける。問いただすシャーキン。沈黙を守る一郎。一方、鋼鉄獣ガーダと戦闘中の洸は突然動かなくなったライディーンに四苦八苦していた。「洸、お前は悪魔と戦え」父の声にも反応が無い。その時、旧式の飛行機が助けに入った。ライディーンは怪鳥ゴッドバードに変形しガーダを粉砕する。飛行機の男は何も言わず立ち去った。
未来工学研究所は電子工学の権威・猿丸を迎え、海上基地ムトロポリスを建設していた。一方、洸はゴッドバードに変形するための訓練を続けていたが成功しない。その頃、洸のガールフレンド・桜野マリは神面岩で見つかった不思議な石を調べるため東京へ向かう。それを偶然見かけた修道尼・明日香麗は叫ぶ。「行ってはだめです! あなたの持っているものは悪魔を呼びます」麗はテレパシーでライディーンを呼び、化石獣マドンのため悪魔にとりつかれた人々を救う。
洸たちの前に、あの謎の飛行機の男・神宮寺が現れる。そして明日香麗と共にライディーンの支援メカ・ブルーガーに乗り込むのだった。超音獣ビイラは、強力な音波でライディーンを苦しめるが、ブルーガーの活躍で洸は難を逃れる。音には音を。猿丸の進言でムトロポリスを集音器にした音波攻撃と、ライディーンの念動光線ゴッドアルファでビイラを蹴散らすのだった。しかし、勝利は得たものの洸は精神力を消耗して倒れてしまう。
化石獣トータスと戦うライディーン。トータスはすぐに姿を消したが、洸はまた力を使い果たす。その間に洸のバイク・スパーカーを持ち出した荒磯ダンは洸にケガを負わせてしまう。責任を感じたダンはレッド団の面々と自作のメカで出撃したが、アギャール将軍に捕まり人質となってしまう。アギャールの脅迫でフェードインできず、なすすべがなかった洸だが麗の言葉に促されフェードインを敢行。ブルーガーとの連携で人質を解放、トータスを倒す。