突如起こる大地震。世界中で天変地異が始まった。妖魔帝国が甦ったのだ。「目覚めよ勇者、ライディーンが待つ。運命の時が来た」とひびき洸の心に謎の声が響く。導かれるまま海に出た洸は怪物ドローメ、大魔竜ガンテの攻撃にさらされる。彼の危機を救ったのは海中から出現した黄金の巨像『ライディーン』であった・・・。

妖魔帝国は化石獣バストドンを呼んだ。帝国の支配者であるバラオの息子プリンス・シャーキンはバラオ像に悪魔の時代の完成を誓った。洸は攻撃を再開した妖魔帝国と闘うためライディーンに再びフェードイン、必殺技ゴッドゴーガンでバストドンを退ける。洸は選ばれた勇者としてライディーンと共に戦う決意をする・・・。

シャーキンはムートロンの謎を解明するため、石化して洞窟に捕えていた洸の父、一郎を満月の夜に訪ねる。首だけが石化から解けた一郎に問いただすシャーキン。沈黙を守る一郎。一方、鋼鉄獣ガーダと戦闘中の洸はライディーンに苦戦していた。そしてライディーンは怪鳥ゴッドバードに変形しガーダを粉砕して・・・。

未来工学研究所は電子工学の権威である猿丸を迎え、海上基地ムトロポリスを建設していた。一方、洸はゴッドバードに変形するための訓練を続けていたが成功しない。その頃、桜野マリは神面岩で見つかった不思議な石を調べるため東京へ向かう。それを偶然見かけた修道尼の明日香麗はテレパシーでライディーンを呼び・・・。

洸たちの前に、神宮寺が現れた。そして麗と共にライディーンの支援メカ、ブルーガーに乗り込むのだった。超音獣ビイラは、強力な音波でライディーンを苦しめるが、ブルーガーの活躍で洸は難を逃れる。猿丸の進言でムトロポリスを集音器にした音波攻撃と、ライディーンの念動光線ゴッドアルファでビイラを蹴散らすが・・・。

化石獣トータスと戦うライディーン。トータスは姿を消したが、洸は力を使い果たす。その間に洸のバイク、スパーカーを持ち出して洸にケガを負わせてしまった荒磯ダンは、責任を感じてレッド団の面々と自作のメカで出撃。だが、アギャール将軍に捕まり人質となってしまう。アギャールの脅迫でなすすべのない洸だが・・・。