ラーゼフォン

東京の高校生・神名綾人は、試験会場に向かう途中、突如上空に現れた謎の航空部隊の攻撃に遭遇した。公安を名乗る青い血の男たちに拉致されそうになった綾人は、謎の女性・紫東遙に救われるが、彼女にまで銃を突きつけられる。混乱した綾人は、不思議な少女・玲香に導かれるようにして、地下神殿にたどりつく。

卵から出現したラーゼフォンと意識が同調した綾人。ドーレムという謎の兵器と戦闘機の間に割って入ったラーゼフォンは、強大な力を発揮する。全ては消失し、またいつもの日常が戻る。だが「真実を見せる」という言葉に従って遙とVTOLで東京を脱出しようとした綾人は、再び玲香に導かれてラーゼフォンと同調する。

攻撃されたラーゼフォンは綾人と同調し、ドーレム・フォルテシモを粉砕、「回廊」を作って飛び去った。外から故郷を見た綾人は、TOKYO JUPITERというものを目撃する。謎の存在MUに占拠された首都は不思議な膜に包まれ、住人は偽りの生活をしていた。しかも、膜の外部とは12年もの時間差が生じていた。

TERRA特務航空母艦リーリャ・リトヴァクに収容された綾人は、不思議な少女・如月久遠を始めとして、多くの人々に出会う。ラーゼフォンはオーパーツとして特設輸送艦ユリシーズに移され、TOKYO JUPITERから来た綾人も監禁される。そこに、深海から新たなドーレム・グラーベが接近してくる。

綾人のドーレム撃退によりラーゼフォンの連合への移送は中止、TERRAの本拠地・ニライカナイ島のネリヤ遺跡で運用されることになった。TERRAの一員として迎えられ、如月博士の案内で新しい家へと案内される綾人。そこは遙が妹の恵と同居している六道家であった。そこで過ごす時間の中で、綾人の心は開いていく。

北海道函館市で、謎のオーロラ現象により地面の一部が突然沈下、消滅する怪現象が発生した。それは、キムの両親を殺したドーレムの仕業だった。父母が残したオルゴールに聞き入っていたキムは、その跡がMUの紋章を描いていたことから、ドーレムが声紋と同じパターンを描きながら移動していることを突き止める。