淡々とした語り手が紡ぎだす、世にも哀れな子供たちの物語。突然の火事ですべてを失ったボードレール家の姉弟妹に、怪しい伯爵の魔の手が忍び寄る。

秘書の目をかいくぐりミスター・ポーと対面したオラフ伯爵は、ヴァイオレットとクラウスを巻き込み、結婚をテーマにした舞台を上演しようと企む。

著名な爬虫類学者であるモンゴメリー博士の家で暮らすことになったボードレール家の3姉弟妹。そこに、博士が雇った新しい助手がやって来る。

爬虫類の部屋で見つかった死体。オラフ伯爵の仕業ではないかとヴァイオレットとクラウスが疑う中、サニーがスーツケースに閉じ込められてしまう。

「哀切の湖」を渡り、ジョセフィーンおばさんの家にやって来た3姉弟妹。文法にこだわりを持つジョセフィーンおばさんには、悲しい過去があった。

残された遺書は、後見人にシャム船長を指名していた。オラフ伯爵の企みに気が付いたヴァイオレットとクラウスは、遺書から手がかりを掴もうとする。