長きに渡った暗黒星人との戦いは膠着状態がに陥って久しい中、歴戦の勇士・アトランジャーも、ついに第一線を退く事となった。アトランジャー退役式当日。突如現れた謎の巨大宇宙戦艦の攻撃によって、地球は再び蹂躙の危機にさらされてしまう。