女子高推理部

学食の怪談、イネの自殺事件、緑の薬の実態など、セラ女子高をとりまく全ての謎が解けた今、残るは超人間研究会の非人道的な計画を止めることのみ！推理部の5人は30年前と同じ悲劇を起こさないためにも、イネが残した予言の内容を手掛かりに学校中を駆け回る。しかし、校内には衝撃的な光景が広がっていた！その頃、覆面をかぶった謎の男が学校に現れて…。5人は、皆が眠りに就いた学校を恐ろしい陰謀から救えるのか？

30年前、ガス爆発事故の合同告別式が行われた日に最後の登校日を迎えた推理部の5人。登校するやいなやイネの遺品を無断で持ち出したことでこっぴどく叱られ、罰として校庭を走らされる。そんな時、共用携帯に緑の薬について連絡が入る！ドッコ管理人の部屋を見たことで、イネの携帯を使って推理部にヒントを与えていた謎の協力者の正体にも徐々に近づいていき、ドッコ管理人とセラ女子高に隠された秘密もついに明らかになる。

「秘密の掲示板を作り上げろ」というミッションを受けた推理部のメンバー。ところが、登校すると学校の前は大騒ぎ。なんと、そこには血を流して倒れるイネの遺体が。教室に向かった5人は、イネの遺書があったことを知る。警察に呼ばれたジユンとドヨンは事情聴取を受け、一方の3人はイネのSNSを見てみることに。全員で部室に戻り、推理部の共用携帯からイネのSNSを見ようとするも、それには画面のロックを解く必要があった。

イネのロッカーで見つけたメッセージを見て、恐る恐るSNSでダイレクトメッセージを送った推理部のメンバー。するとすぐに既読になるが、いくら待っても返信は来ないまま。しかしまたもやSNSを通して謎の写真が届き、その真意が分からない推理部は苦悩に陥る。また、何とか地下バンカーへの潜入に成功するが、そこでとんでもないものを発見し、もしかすると死んだのはイネではないかもしれないという疑惑が持ち上がる。

依頼箱にイネの自殺に関する情報提供が殺到し、引き続きイネの自殺について調べていた推理部のメンバー。部室で秘密の掲示板を整理していると、つながりがないように見えた複数の事件の関連性が見えてきた。そんな中、死んだはずのイネのSNSにまたしても新たな掲示物が投稿される。投稿者は味方か、それとも敵なのか。力を合わせてその謎を解き、投稿が指し示す場所へ行くが、そこでメンバーを恐怖に陥れる驚愕の出来事が起こる。

疑わしい人物はいるものの、誰も決め手に欠けていて悩む推理部のメンバー。そこにやってきたピザの配達員を見て、ふとペンキの上についていた足跡を思い出したジユン。無事に犯人が分かり教室に向かった5人だが、クラスメートたちは転校生に全く興味がない様子。仕方なくすぐに推理部の部室へ向かう5人だが、入部するためには謎解きをする必要があった。暗号に頭を悩ませる5人だが、紙をじっと見ていたBIBIがあることに気づく。