21世紀中盤、温暖化に伴う海面上昇により、人類は地上での版図を大きく失った。その混乱に呼応するかのように世界各地に現れた「霧の艦隊」にすべての海域を封鎖され、人類は 疲弊の一途をたどっていた。士官候補生・千早群像の前に現れた「霧の艦隊」の潜水艦「イ 401」。

イ４０１／イオナとの出会いから２年。イ４０１の艦長となった群像は、海洋技術総合学院の同級生たちをクルーに迎え、日本政府の依頼を受けて佐世保から横須賀に向かう。行手を遮るのは、台風１１号の目に居座る霧の重巡洋艦タカオ。追い込まれた群像は、タカオとの勝負を選択するが

タカオを退け、横須賀に入港するイ４０１。日本政府が開発した対「霧」用の秘密兵器「振動弾頭」のサンプルを積み込むためだ。積込みと補給の間、イオナを伴い街へ出る群像。「霧」との戦いによる犠牲者の慰霊碑を訪れた２人は、陸軍の部隊に囲まれる。

横須賀を襲った砲弾は、霧の大戦艦級・キリシマとハルナからのものであった。陸地への被害を防ぐため、急遽出港したイ４０１は、横須賀港を覆う防護壁の内部での決戦を挑む。

イ４０１に沈められたキリシマとハルナ。艦体を失い、メンタルモデルの身体だけになったハルナと、メンタルモデルすら失いユニオンコアだけになったキリシマは、不思議な少女・刑部蒔絵に拾われる。目覚めたハルナとキリシマは人間（とクマのぬいぐるみ）のフリをしながら様子を伺うが...

刑部博士から「蒔絵の友だちになって欲しい」と頼まれたハルナとキリシマ。デザインチャイルドとして生まれ、「振動弾頭」を開発した蒔絵の寝顔に、言い知れぬ想いを抱く。そんな中、蒔絵が霧の手に落ちることを危ぶんだ上陰次官補の手の特殊部隊が刑部邸を襲う。