銀河鉄道物語～永遠への分岐点～

大宇宙を巡る銀河鉄道。その列車の運行と乗客の安全を守る治安部隊が通称SDF、空間鉄道警備隊である。精鋭シリウス小隊所属の隊員有紀学は、謹慎処分を受け、実家のラーメン屋を手伝っていた。出前から戻った学は、テレビから流れる特急列車暴走のニュースを耳にする。列車の進む先は学が住む惑星。このままでは地表に激突、地上は壊滅的大惨事に！！救援に向かう銀河鉄道最強の列車「ビッグワン」を駆るシリウス小隊は間に合うのか？為す術のない学は故郷の星を救う事が出来るのか？

惑星ウィルゴー。そこは、深き緑に包まれた未開の星。銀河鉄道管理局は、この惑星に新たな発着駅建設のため調査を行っていたが、調査隊の消息が途絶えてしまう。捜索要請を受け、シリウス小隊は直ちに惑星ウィルゴーに向かう。ところが、すでに何者かの手により惑星全体にシールドが張られていた。先行する学、キリアンはシールドの影響で偵察機が破壊され、惑星に不時着。やむなく2人だけで捜索任務を開始するが、肝心なところでいがみ合ってしまう2人に様々なトラブルが襲い掛かる。一方、スピカ小隊の調査で惑星の地下深くには、ある鉱物が眠っていることが判明する。

宇宙を漂流する宇宙種子群の影響によりアルタ線特急637号が立ち往生してしまった。速やかに救助に駆けつけたシリウス小隊だが夥しい数に苦戦を強いられる。637号とビッグワンに新たな種子群が到達しようとしたとき、種子群に向けて一条のビームが放たれる。ビッグワンの危機を救ったのは、新たに編成されたケフェス小隊の駆る最新車両｢飛龍｣だった。ケフェス小隊は、的確な判断のもとシリウス小隊をサポートするが、列車内に入り込んだ種子は植物生命体となって、車両を侵食する、しかも車両には、未だ乗客と学が残されている。

無数の残骸が散らばる、とある空域。その中を無数のビーム砲に追われながら進む640号。やがて追ってきた戦艦と交戦状態となるが、とてもかなう装備などもってはいなかった。戦艦からの呼びかけに応答しない640号に戦艦の主砲が向けられたその瞬間ビッグワンが救助に現れ何とか戦艦を後退させる。その時管理局より640号は、内戦の続く惑星グエラより脱出した乗客を乗せておりその中に反グエラ政府のスパイが潜入しているという連絡が入る。一方、乗客の誘導をする学の前にミザリーと名乗る少女が現れる。そして、撤退したはずの戦艦の追撃がはじまった。

任務中、自らの勝手な判断で乗客と仲間を危機にさらしてしまったキリアン。その行動をバルジは一括するが、自身を過信するあまり聞き入れることが出来ない。あくる日の早朝、ディスティニー駅に大きな荷物を抱えたキリアンの姿があった。同僚たちには、休暇をとり久しぶりに故郷に帰るのだと告げる。やりきれない気持ちを抱え、故郷えの旅路に着いたキリアンであったが、その車中に出会った人々によってキリアンの気持ちに変化が現れる。しかし、その列車には、予想もしない重大危機が迫っていた。

いよいよ、キリアンの研修期間が終了しようとしていた。浮かれ気味のキリアンに、学はいっそう厳しくあたってしまう。調整を終えたビッグワンのテスト走行を兼ね、パトロールに出ようとするシリウス小隊に緊急事態を告げる通信が入る。ディスティニー地下に広がる広大な下水網に実験生物が紛れ込んだというのだ。特殊合金を餌として繁殖し、事によっては惑星事態に影響を与えかねない。SDF所属小隊を総動員した一大掃討作戦が展開される。