赤嶺中学3年1組の担任・浅村涼子（真木よう子）は夜の繁華街の見回り中に、同級生から集団で金を奪った中学生を注意するが、反対にナイフを突きつけられ窮地に。そこへ警察官が現れ、生徒たちを恐喝と暴行の罪で現行犯逮捕し、少年係刑事・三枝弘樹（山田裕貴）に引き渡す。 翌日、学校では文科省の承認を得た学校内警察官、通称スクールポリスが試験導入されようとしていた。校長の木島敏文（高橋克実）に紹介されて姿を見せたのは、昨晩中学生を逮捕した男・嶋田隆平（藤原竜也）。警視庁捜査一課の刑事でありながら、スクールポリスに志願した理由を尋ねる涼子に、隆平は「確かめたかったからだ、この学校の生徒に守る価値があるのか・・・」と意味深な言葉を告げる。

妊娠3カ月の英語教師・楓（山口紗弥加）の机の引き出しからネズミの死骸が発見される。楓を母親のように慕う3年1組の成田千佳（田畑志真）は、犯人捜しに躍起になる。やがて千佳は、楓の悪口を言っていたという大林優也（荒木飛羽）を犯人だと決めつけ食ってかかる。しかし、これがある騒動を巻き起こし、責任を感じた楓は産休も育休もそこそこに、生徒のために働くと宣言するが・・・。 その頃、隆平（藤原竜也）は理科教師の青木祐志（渋谷謙人）から、亡霊の謎について聞かされ・・・。

校内の高価な備品が何者かに盗まれ、フリマアプリに出品されている事実が発覚。学校関係者による犯行だと考えた隆平（藤原竜也）は、盗難品に残された指紋と教師、生徒全員の指紋を照合して窃盗犯を暴き出そうとする。 各クラスで指紋採取が進められるなか、サッカー部の仲村紀明（藤本哉汰）が突然大声で笑い出し、服を脱ぎ捨てて廊下の窓から飛び降りようとする。間一髪のところで隆平が阻止するが、仲村はそのまま失神。隆平は仲村がドラッグを使った可能性を示唆し、それにより、ドラッグを買う金欲しさに仲村が盗難を働いたのではないかと疑いの目が向けられる。

女子更衣室で盗撮カメラが発見され、撮影された映像が動画サイトに投稿されていたことが分かる。昼休み、校内に他の盗撮カメラがないかを探す柴田（泉澤祐希）と涼子（真木よう子）は、男子バレー部の更衣室から、部員の菊池京介（鈴木悠仁）が出てくるところに出くわす。京介の表情はどこかぎこちなく、やがて盗撮カメラ事件は予想もしない事態に発展する。 一方、一年前に亡くなった音楽教師の小川香里（明日海りお）の事件について調べる隆平（藤原竜也）は、岡部昌浩（遠藤雄弥）という美術教師のことを耳にし、岡部が学校をやめた原因となった生徒に接触する。

男子バスケ部で、アレン徳永（川村ジーモン凜一朗）が同じ3年生部員の市原健太（奧智哉）と西田雄一（池田優斗）からいじめを受けていることが分かる。心配する涼子（真木よう子）や柴田（泉澤祐希）を前に、アレンは余計なことはしないでほしいと笑顔を向ける。 そんなある日、市原が帰宅途中に何者かに襲われる。市原は相手の顔こそ見えなかったものの、犯人はアレンだと主張。隆平（藤原竜也）の聞き取り調査でアレンは自らの犯行を否定するも、何か心当たりがある様子。 一方、隆平が香里（明日海りお）の死の真相を追う理由も明らかになる。

香里（明日海りお）の死に関わっていると疑う岡部（遠藤雄弥）の居場所を突き止めた隆平（藤原竜也）。しかし岡部の足取りは再び分からなくなり、隆平は涼子（真木よう子）に疑惑の目を向ける。 職員室では新津清（須賀健太）が、同じ1年の教師らに仕事を押しつけられ、心身ともに限界を迎えていた。新津と同期で、学生時代の同級生でもある柴田（泉澤祐希）は、そんな新津を助けたいと立ち上がるが・・・。柴田に泣きつかれた隆平は柴田の悲痛な叫びに、香里の姿を重ねる。 そんななか、新津が夜道でひったくりに遭い、生徒の個人情報が流出する騒ぎが起きる。