異形の武者達に追われるクロウと弁慶。疲れきった二人は、闇の中に一軒の藁家の灯を見る。一夜の宿を乞うた二人の前に現れたのは謎めいた美女、黒蜜。宿に泊める条件として黒蜜は、奥の閨（ねや）を決して覗かないようにと言う。しかし黒蜜に魅せられたクロウは約束を破り、閨を覗いてしまう。そこで見た恐るべき光景は―――！

森の中の一軒家に一夜の宿を乞う“人斬り以蔵”。その家の主は黒蜜だった。以蔵は黒蜜の閨で異様な光景を目の当たりにする・・・！それは弁慶が見た悪夢か？！謎の翁によって、呪いをかけられる弁慶。かたや黒蜜は、若狭の国の海辺で“人魚”に血を吸われ、不死の躰を得たとクロウに語る。そして、自らの血をクロウに吸わせる。そこへ、あの翁に率いられた異形の武者達が襲来！さらにクロウ達の眼前に現れたのは、呪いに憑かれた弁慶だった―――！

自分はいったい何者なのか？自問しつつ黒蜜を探して彷徨うクロウは、明日香という街に辿り着く。そこで出会った歌留多と名乗る男から、24年前の小惑星の接近に端を発した“大災害”の話を聞かされる。その“大災害”の後、関東を支配した赤帝軍の存在と共に。そして、歌留多の仲間のライから、今しも赤帝軍襲来の報せが入る―――！

戦時下の東京で、刺客に襲われ、黒蜜と共に逃げているクロウ。夢なのか、現実なのか？！クロウが気づくと、そこはライの隠れ家。赤帝軍に刃向かうライとその仲間達の組織“埴輪”。さらに、居座魚、そして久遠と名乗る男達と出会ったクロウは、彼らが黒蜜を匿っているという事実を教えられる。同時に、赤帝軍が黒蜜の血を使って、恐るべき魔人を造り出していることも―――！

赤帝城内の研究室で、黒蜜から得た血を使い、魔人を造り出しているマッドサイエンティストの長谷川。長谷川の命を受けて動く魔人達と、その先に黒蜜の存在を視ている赤帝と。かたやクロウは、“埴輪”の長ともいうべき沙仁輪と会う。沙仁輪の許しを得て、黒蜜との再会が見えたクロウの前に、しかし、再び赤帝軍の魔手が―――！

赤帝軍の兵士達の襲撃を受ける“埴輪”のアジト。沙仁輪を守ってクロウ達も戦うが、魔人嵐山率いる赤帝軍は圧倒的！そんな中、沙仁輪の指示に逆らう居座魚。居座魚もまた、赤帝軍と同じく、黒蜜から採取した血液“御稜威”（みいつ）に魅入られていたのだ。自らの躰に御稜威を注射した居雑魚は・・・！かたや、クロウと久遠の獅子奮迅の逆襲はなったものの、“埴輪”壊滅の刻は迫っていた―――！