近未来。人類は新型アンドロイド、ネオロイダーの反乱によって窮地に立たされていた。彼らはリーダーのＢＫ-１ことブライキング・ボスの統率の下、自らをアンドロ軍団と名乗って人類一掃をもくろんだのだ。その圧倒的戦力の前になす術もなく、人々は故郷を追われ、捕らえられた者はロボット工場での強制労働に従事させられた。だがそんな人類にも一つの希望があった。素手でアンドロイドを倒す救世主・キャシャーンの噂だった。ある日、人類軍の工作員として軍団と戦い続ける少女ルナがアンドロ軍団拠点・プロミスキャッスルに潜入した。日夜戦場を駆け抜ける彼女は、同時に生き別れになった恋人で、ＢＫ-１開発者・東博士の息子、鉄也を探し続けていた。[SF/ファンタジー][アクション/バトル]

キャシャーンの次々とロボット工場を破壊されたブライキング・ボスは、軍幹部サグリアにキャシャーン抹殺を命じた。新型攻撃用ロボットを投入してこれに臨むサグリア。この危機を難なく脱するキャシャーンだったが、その身体に異変が……!?そんな彼の前に現れる、ボスのペット・白鳥ロボットスワニー。山間の湖が月光に照らし出された瞬間、スワニーは虚空の一人の女性を映し出した。一方のルナは、人類軍の命運をかけた任務を遂行していた。それは彼女の父、上月博士が開発した対ロボット用兵器ＭＦ銃のデータを人類軍本部に届けることだった。仲間を失い、絶体絶命の危機に立たされたルナを再びキャシャーンが救う。やはり彼は東鉄也だった。鉄也は数年前の日を回想する。

次なる攻略拠点を、アルプスの小さな町フィヨルドに絞るブライキング・ボスだったが、その特異な立地条件のために軍団の輸送に苦戦を強いられていた。既に人類軍によって１３もの輸送機が撃ち落されていたのだ。そこでボスはバラシンに、軍用列車による陸路を使っての侵攻を命じるが、町に通じる渓谷に架けられていた陸橋が近年、レジスタンスによって破壊されたのだ。そこでボスは捕虜にした人間たちにこの橋を補修させるよう命じる。同じ頃、アルプスを訪れていたキャシャーンは、捕らえた偵察ロボットからアンドロ軍団のデータをスキャンして衝撃を受ける。

ルナによって届けられたデータから、ＭＦ兵器を量産した人類軍は、戦況を逆転させるべく大反撃計画を推し進めていた。３年間の戦いに傷つき、ネオロイダーとしての寿命がつきかけていたキャシャーンも作戦に協力し、人類軍の反撃は半ば成功したかに見えた。しかし、それを嘲笑うブライキング・ボス。人類をこのまま野放しにしていれば環境汚染が進み、やがて地球は滅びてしまう。東博士の命令を曲解して彼は、人類を根絶やしにすることなく拘束することで、環境の再生を図ろうとしていたのだ。そんな時、勝利を確信する人類軍の合流地点にスワニーが姿を見せた。精神体としてスワニーの中で生き続ける鉄也の母が、アンドロ軍団が反撃する瞬間こそ、ボスを倒す最後のチャンスであると息子に伝えに来たのだ。その身を案じ、ひき止めようとするルナ。彼女と口づけを交わした鉄也は人間として戻って来ると約束し、キャシャーンとしての最後の戦いに旅立った。