W3

地球では核実験が繰り返し行われていた。これを重く見た「銀河系連盟」は調査隊としてW3を地球に送り込む。もし地球が銀河の平和を脅かす危険な星なら、即座に地球を消滅させろ。その使命を受けて地球に降り立ったボッコ、プッコ、ノッコの3人はそれぞれ、ウサギ、カモ、馬の姿に変身して調査を始める。しかし3人は山火事に巻き込まれ逃げ場を失ってしまった。3人（3匹）を救ったのは心優しい少年、真一だった

独裁国家ボロタニア共和国のノーラン博士は全世界を滅ぼすほどの発明をしてしまう。それを知った独裁者は博士に発明を軍事転用するよう迫る。24時間以内にイエスと答えなければ処刑する、と。ノーラン博士は世界平和のために活躍する諜報機関フェニックスに助けを求める。ノーラン救出に派遣されたのは真一の兄、光一だった。

ある日、光一のもとに「釈迦の右手とシャングリラのツタに気をつけろ！」という死者からのメッセージが届く。この意味不明のメッセージを解き明かすため、光一は調査に乗り出す。一方、シャングリラ内の釈迦像に財宝が隠されていることを知ったマック・ロウは、財宝をひとりじめにするため、隠し扉を開ける鍵となる釈迦像の両手を揃えようとしていた。

真一の近所にある豊かな森が観光地として開発されることになった。木々が次々に伐採されていき、動物たちは生きる場所を追われてしまう。一本だけ残った大きなクスの木が動物たちの唯一の避難場所となっていた。しかしいま、そのクスの木までも伐採されようとしていた。

光一がある朝目覚めると、そこは自分のアパートではなく真一や両親の暮らす実家だった。どういうことか、と首を傾げる光一に両親は、東京に水爆が落ちて全滅したと告げる。

ちいさな動物園。そこは子供たちと動物たちがふれあえる楽しい場所だった。けれど大金持ちの真名板氏は、動物園をつぶしてもっと儲かるビルを建てようと計画していた。立ち退きを拒否する動物園の周りに彼は高層ビルを建て、日光を奪う。真一とW3は動物たちと子供たちのために立ち上がる。