ワイヤード。それは今や人々の生活の一大拠点となった、情報ネットワークの仮想現実空間。相馬透は、そのワイヤード内でハッキング行為を続けているハッキングチーム｢ステッペンウルフ｣の一員だった。だがチームは最後のハッキング中に、軍とテロ組織との戦闘に巻き込まれ、リーダーであり透の親友でもあった優哉が命を落とす。警察に捕らえられたものの、ハッキングの腕を見込まれ軍へ入った透だったが、その胸のうちには復讐の炎が燃えていた！[SF/ファンタジー][ロボット/メカ]

FLAKに入隊した透ではあったが、第1小隊のチームメイトである洋介やカイラ、みのりたちとは、どこかうち解けられずにいた。そんな時、一人でオフタイムをワイヤードの草原で過ごしていた透は、そこで花を摘むふしぎな少女──憐と出会った。透は憐に誘われるまま、遊園地で楽しく過ごす。そこへテロ集団フェタオ出現に非常招集が掛かった。その敵の中には、第1小隊のメンバーである彩音の弟の仇ゲンハもいたのだ！

FLAKの同僚である彩音の機体が、親友の優哉を殺したシュミクラムと知り愕然とする透。だが彩音は情報漏洩容疑で逮捕され、透たち第1小隊は謹慎処分を受ける。そんな透はかつての仲間の月菜に連れ出されV.S.S.の総帥・橘玲佳と会う。憐に興味を持ち、透を利用して捕らえようと考える玲佳は、透の洗脳を企むが、その危機を救ったのはフェタオだった。そして透はフェタオのリーダー・クーウォンから衝撃の事実を知らされる！

憐は肉体を失ったデータだけの存在だった！真実を知りショックを受けた憐の心を反映して、リバイアサンが暴走をはじめた。その結果、ワイアードだけでなく、リアルワールドにも危機が及ぶ。脳内チップ研究所から辛くも脱出した透は、FLAK第1小隊に合流してネット内へダイブ。リバイアサンへと挑む。だがその行く手をリバイアサンに意識を侵食されたゲンハや、玲佳の手先となった月菜が阻む！透は暴走を止められるのか！？