“時のひずみ”に入り込んでしまい、存在そのものが消えかけているレディを救うため、時の宮殿を訪れたコブラ。シェラザードの力を借りて、レディの時間の中へ潜ったコブラであったが、彼女の過去を探っていく内に、時間の渦の中にのまれてしまう。気がつくと、そこは20年前の過去の世界。コブラとレディが初めて出逢った城の前であった…。相棒を救うため、時空を超えたコブラの戦いが始まる！

火星でユートピアと再会したコブラは、彼女に誘われるまま、“化石虫”の調査に同行する。巨大な砂クジラの中に寄生する“化石虫”を持ち帰ったコブラたち。しかし、そこに海賊ギルドの殺し屋クリスタル・ボーイが現れ、ユートピアを捕らえようと、キャンプを襲い始める。コブラたちは戦場と化したキャンプから何とか脱出するのだが…。

クリフ・ボールド伯爵の城の中で、大量のロド麻薬と海賊ギルドのマークを見つけたコブラは、ユートピアを連れ、城から逃げ出そうとする。どうにか伯爵の追っ手を振り切ったコブラたちだったが、たどりついた先は、なんとジプシードックのアジトであった。コブラはユートピアを引き渡すことで、ジプシードックの仲間になったと見せかけるのだが…。

傷を負ったコブラを窮地より救い出したレディは、ダックたちの力を借りて、ボールド伯爵の後を追う。宇宙創造の力を海賊ギルドの手に渡してはならないと、不屈の精神力で立ち上がるコブラであったが、そこに宿敵クリスタル・ボーイが立ちはだかる。コブラVSクリスタル・ボーイ…。宿命の戦いが幕を開ける！

金星―。クリスマスイヴにのんびりと車を走らせていたコブラの前に、海賊ギルドに追われて疾走するトラックが衝突する。トラックに乗っていたのは、かつてのコブラの恋人・ドミニクに生き写しの美女・シークレットだった。彼女から“シバの鍵”をガロン星に届けて欲しいと言われたコブラは、海賊ギルドの飛行メカをサイコガンで撃破するが、破片の下敷きになり、重傷を負って病院に運ばれてしまう。そこへ一緒に運び込まれたシークレットと“シバの鍵”を狙って、海賊ギルドの女戦士・ブラックボーンが襲ってくる。シークレットを狙っているのが宿敵・海賊ギルドだと知ったコブラは、彼女を守って戦うことになるのだが…。

ガロン星が太陽に衝突するまで、あと1週間にせまっていた。コブラたちは、トポロ教授から、ガロン星の推進器が、何者かによって動かされたことを知る。推進器を止めるためには、“シバの鍵”だけが開けることのできる“黄金の扉”の先へ行かなければならない。しかし、コブラたちの前に再び海賊ギルドが現れ…。