冬木の地で行われた聖杯戦争から10年…再び、『聖杯』の力を追い求める、七人の魔術師と七人の英霊の争いが始まろうとしていた。代々続く、魔術師の家系に育った遠坂凛もまた、父・遠坂時臣が参加した争いに、身を投じようとしていた。最強の英霊、セイバーの召喚を試みる凛だったが、彼女の眼の前に現れたのは、自らの名も知らぬ英霊だった。
10年前、冬木市で起きた大火災から、衛宮切嗣により命を救われた衛宮士郎。ある日の放課後、士郎は英霊同士の戦いを目撃してしまう。目撃されてはいけない争いを見られたことに気付いたランサーは、マスターの命令により、士郎を始末しようとする。凛により息を吹き返した士郎だったが、その夜、再びランサーに襲われる。ランサーの攻撃を耐え凌ぐ士郎の目の前に、英霊が召喚される。
ランサーの襲撃後、衛宮邸に駆け付けた凛とともに、士郎は聖堂教会へ向かう。監督役の言峰綺礼から、聖杯戦争について説明を受けた士郎は、その内容にショックを受ける。しかし、自分も巻き込まれた10年前の火災が、聖杯戦争によるものだと知り、マスターとして戦うことを決意する。
聖堂教会を後にした凛と士郎の前に、サーヴァントとイリヤスフィールと名乗る少女が立ちふさがった。襲いかかるバーサーカーの圧倒的な力の前に、苦戦を強いられる凛たち。初めての戦いの中で、士郎は自分の無力さを思い知るのだった。
藤村に呼び出され、学校に向かう士郎とセイバー。霊体化できないセイバーを誤魔化そうとする士郎だったが、なぜか藤村と桜が士郎の家に泊まり込むことに…。一方その頃、ガス漏れ事件の現場を訪れていた凛は、わずかに残る魔力の残滓から、キャスターの仕業であると断定する。
士郎はセイバーを連れずに学校へ向かう。単独で行動する士郎に憤った凛は、放課後、人気のないのを見計らい、士郎を襲撃する。士郎を追いつめる凛だったが、二人は女子生徒の悲鳴を耳にする。争いをやめ、悲鳴の上がった場所へ向かうとそこには…。
杉山紀彰
Shirou Emiya
植田佳奈
Rin Tohsaka
川澄綾子
Saber
諏訪部順一
Archer
下屋則子
Sakura Matou