最弱無敗の神装機竜《バハムート》

5年前にクーデターによって滅ぼされたアーカディア旧帝国の皇子であるルクスは、アティスマータ新王国で咎人として国民の雑用を引き受けるという契約のもと、日々様々な仕事に励んでいた。そんなある日、不運にも屋根が壊れ、ドラグナイトを目指す少女たちが通う学園の浴場に落下してしまったルクスは、新王国の姫であるリーズシャルテことリーシャに目を付けられ……。

ドラグナイトとしての適性値が高い少女たちを育成するための学園に通うことになったルクス。少女たちから好奇の目で見られ、様々な雑用を押し付けられそうになっていたところを助けたのは、才女として学園で一目を置かれているクルルシファーだった。クルルシファーはルクスに旧帝国を壊滅させた伝説のドラグナイトである《黒き英雄》を探して欲しいと頼む。

ルクスの入学祝いと称してパーティーを開いてくれたリーシャたち。そこへ水を差すかのように大量の雑用依頼を持ったレリィがパーティーの余興としてルクス争奪戦を提案する。それは依頼を受けてもらえない生徒たちへの不満解消のため、ルクスが持っている特別な依頼書を奪うことができれば、一週間優先して雑用を依頼できるというもので……。

未だ謎に包まれている遺跡の調査に向かうことになったルクスたち。他国からの留学生であるため、遺跡の調査など危険を伴う行動を制限されているクルルシファーも同行を志願し、調査隊に加わることになる。そして調査が行われる当日、クルルシファーの許嫁であるバルゼリッドが手助けと称して、協力を申し出るのだが……。

全てはバルゼリッドが仕組んだことだった。クルルシファーの出生の秘密を知るバルゼリッドは、その力を手に入れるためにクルルシファーに近づいていた。バルゼリッドの不可思議な力の前に為す術なくやられてしまうクルルシファー。絶体絶命かと思われたそのとき、月夜の空に漆黒の神装機竜が姿を現す。

学園の敷地内に不審者が出るという話があり、シャリスたちに敷地内の見回りに協力して欲しいと頼まれたルクス。快諾して学園内を歩き回るルクスだったが、突如不審者が現れ、ナイフを突きつけてきた。そのとき、助けに現れた少女こそ、四大貴族の令嬢、学園最強と呼ばれる騎士団長、セリスティア・ラルグリスだった。