초고속 네트워크 사회, 점점 더 지능화되고 흉포해지는 범죄에 대항하기 위해 사이보그 쿠사나기 모토코 소령을 필두로 공안 9과 ‘공각기동대’가 탄생한다. 쿠사나기와 그의 팀은 ‘고스트 해킹’을 통해 타인의 생각을 조작하고 변형시키는 정체불명의 해커 ‘인형사’를 제거하기 위해 임무에 뛰어든다.