몇 시간 후면 지구상에 남은 인류 최후의 보루인 시온은 인간 말살을 목적으 로 프로그래밍 된 센티넬에 의해 짓밟힐 위험에 처했다. 시온의 시민들은 전 쟁이 끝날 것이라는 오라클의 예언에 모든 희망과 기대를 걸고, 이에 네오와 트리니티는 모피어스와 함께 매트릭스로 돌아간다. 수소문 끝에 매트릭스의 심장부로 그들을 안내할 키메이커의 행적을 찾아낸 트리니티와 모피어스. 하 지만 키메이커는 신출귀몰한 악당 트윈스에게 철저하게 감시당하고 있어 시스 템에 대항하려면 그를 구출해야만 한다. 한편, 인류의 운명을 좌우할 자신의 역할에 눈 떠가던 네오는 자신의 존재가 한낱 통제 시스템에 불과하다는 충 격적인 진실에 직면하고, 사랑과 인류 구원이라는 자신의 역할 둘 중 하나를 포기해야만하는 선택의 기로에 선다.
