의문의 괴한들이 섬의 물에 화학 약품을 풀어 섬의 주민들을 비롯한 콜로라도 함의 승조원 모두 정신을 잃는다. 켄달 부함장은 혼미한 정신으로 잠수함과 동료들을 구하기 위해 고군분투하고, 제임스가 켄달 부함장과 함께 섬에 침투한 특수부대에 맞서는데...
섬 주민 중 한 여성이 콜로라도 함의 앤더스 상사에게 성폭행 당했다고 주장한다. 주민들은 앤더스 상사를 처벌하려고 하고 채플린은 군법 재판을 열어 앤더스의 혐의를 조사한다. 앤더스의 변호를 맡은 그레이스는 과거의 기억을 떠올리며 괴로워하는데...
콜로라도 함 승조원들의 가족은 미국 정부의 허락 하에 섬으로 면회를 온다. 하지만 섬 가까이 접근하자마자 파키스탄 해군 함정에게 인질로 잡히고 만다. 파키스탄 해군의 지휘관은 채플린에세 핵미사일을 발사하라고 위협하고 발사 열쇠를 도난당한 채플린은 아무 조치도 취할 수가 없는데...
세인트 마리나 섬을 점거한 콜로라도 함의 대원들은 섬 주변을 무인지대로 선포한다. 결국 섬 주변으로 병력이 강하하고 승조원들은 이들과 맞선다. 한편 미국에선 정부 요원들이 켄달 부함장의 아내 크리스틴을 취조하며 그를 설득하려고 하고, 콜로라도 함의 대원들은 내부 갈등이 일어나기 시작하는데...
정부는 섬으로 협상단을 보내 채플린 함장과 극적인 타결을 모색한다. 협상에 나선 채플린과 샘. 그러나 정부에서는 함장과 부함장을 비롯한 전원을 감옥에 보내겠다고 선언한다. 채플린과 켄달 부함장은 정부 협상단과 두뇌 싸움을 벌이고, 그 사이 잠수함을 지휘중인 그레이스는 아군 잠수함들의 공격을 받는데...