전작의 주인공 강수호가 이끌었던 한국 대표팀 '썬더코리아'가 FFI(축구 프런티어 인터내셔널) 세계 대회에서 승리한 10년 후, 한국에서의 축구의 인기와 지위가 크게 상승함은 물론, 특히 썬더코리아의 중심 멤버들을 배출한 천둥 중학교는 축구의 명문으로 확고한 위치를 차지하게 된다. 그러나 축구의 인기와 지위가 올라간 반면, 축구의 강함이 그 학교의 사회적 평가로까지 이어지는 결과도 낳게 되었고, 그런 축구계에 수수께끼의 조직인「피프스 섹터(fifth sector)」가 등장해 '모든 학교에 공평한 질서가 돌아가기 위해' 전국의 축구를 관리해나가기 시작하고, 중학교는 「피프스 섹터(fifth sector)」의 지시대로 시합을 하지 않으면 안되는 상황이 되었다. 이런 때에 축구를 사랑하는 소년 '천마루'는 '썬더코리아'를 동경하여 천둥 중학교에 입학, 곧바로 축구부로 향하지만 그곳에는 한 명의 소년에게 당한 듯 축구부원들이 쓰러져 있었다. 그 한명의 소년은 '성태검'이라는 이름의「피프스 섹터(fifth sector)」에서 보낸 시드(정예선수)였던 것. 「피프스 섹터(fifth sector)」가 승패에서 점수까지 모든 것을 관리하게 되어버린 축구계에서 천마루는 과거의 순수했던 축구를 되살리기 위해 새로운 '천둥 일레븐'과 함께 피프스 섹터에 맞서게 된다.
