뉴욕 전투 직후인 슈퍼 히어로와 외계인의 존재를 누구나 알게 된 지금, 세계는 이 새로운 현실에 대처하기 위해 노력한다. 필 콜슨 요원이 활동을 재개하고 '라이징 타이드'라는 의문의 집단을 주시하고 있다. 이 정체불명의 적을 추적하기 위해 필은 '쉴드(전략적 국토 개입, 집행 및 병참국)'라고 알려진 법률 집행 기관의 요원들을 선별하여 팀을 만든다. 팀으로서의 첫 번째 임무는 특별한 힘을 가진 평범한 한 남자를 추적하는 것이다. 그 힘은 엄청난 결과를 초래할 수도 있다.

콜슨과 쉴드 요원들은 0-8-4라는 암호명의 기원 불명의 물체를 수사하러 페루로 간다. 하지만 커밀라 레예스 지휘관을 만나면서 900m 상공에서 불꽃 이상의 것들이 튀기 시작한다.

뛰어난 과학자인 프랭클린 홀 박사가 납치당하면서 콜슨과 팀은 그를 찾아내기 위해 분초를 다투어야 하는데. 스카이가 이들의 유일한 열쇠다. 모든 계획이 엉망이 되자 스카이는 팀을 한계로 몰아넣는다.

콜슨과 쉴드 요원들은 혼자서 여러 건의 대형 강도 사건을 저지른 의문의 여성을 찾아 나선다. 하지만 이 여성의 정체가 드러나자, 골치 아픈 비밀이 콜슨을 망가뜨리기 시작한다.

공중에 떠 있는 시체가 나타나고 콜슨과 쉴드 요원들은 정체불명의 살인자를 찾아 나선다. 누구도 안전할 수 없다. 콜슨 팀도 예외는 아니다.