강철의 연금술사 BROTHERHOOD

센트럴에 온 에드는 ‘빙결의 연금술사’를 체포하라는 임무를 받는다. 그는 이슈발 섬멸전의 실체를 알고 브래들리 대총통을 없애려 하는 전직 국가 연금술사 아이작 맥도걸. 에드는 아이작이 현자의 돌을 갖고 있는 게 아닌지 의심하지만 알아내지 못하고, 결국 아이작은 브래들리 대총통에게 당하고 만다.

지금으로부터 4년 전, 형제는 어린 시절 돌아가신 엄마를 되살리기 위해 인체연성을 시도한다. 하지만 그 대가는 너무나도 가혹해서 에드는 왼쪽 다리를, 알은 몸 전체를 빼앗기고 만다. 진리를 본 에드는 다시 오른팔을 희생하여 알의 영혼을 갑옷에 정착시키고, 오토메일을 달고 국가 연금술사 자격을 취득한다.

기적을 행한다는 교주의 소문을 듣고 리올을 찾아간 형제. 하지만 그곳의 교주는 연금술을 신의 기적이라 속이는 사기꾼이었다. 형제는 그가 현자의 돌로 신도들을 속이고 있다는 확신을 갖게 되고, 열성적인 신자 로제는 좀처럼 형제의 말을 믿으려 하지 않는데…

에드와 알은 생체연성에 대해 조사하기 위해 말하는 키메라를 만들었다는 쇼 터커의 집을 방문한다. 그리고 그곳에서 그의 어린 딸 니나와 즐거운 한때를 보낸다. 국가 자격 갱신일이 다가오자 초조해하던 터커는 어느 날 다시 한 번 말하는 키메라를 만들었다며 형제에게 보여주는데… 한편 센트럴에서는 연쇄살인범이 나타나 국가 연금술사만을 습격하고 있었다.

니나의 죽음으로 슬픔에 빠진 에드와 알은 국가 연금술사 살해범 스카의 습격을 받는다. 압도적인 실력의 차이에 속수무책으로 당하는 없는 형제. 급기야 에드는 스카에게 오른팔을 파괴당하고 마는데… 한편 러스트와 글러트니는 리올에서 폭동을 일으키는 데 성공하고, 자신들의 ‘제물’을 사냥하고 다니는 스카를 처치하기로 마음먹는다.

오토메일을 수리하기 위해 리젬블로 향하는 엘릭 형제와 암스트롱 소령. 그들은 도중에 의료 분야 전문인 마르코 박사를 만나서 현자의 돌과 그에 대한 연구 자료 얘기를 듣게 된다. 형제는 기쁜 마음에 서둘러 오토메일을 수리하고 자료가 숨겨져 있다는 센트럴에 가기로 한다. 하지만 마르코 박사는 그것이 악마의 연구라고 하는데…