지난 밤 미술관에 등장한 괴도 키드에 대해서 친구들과 얘기 중인 나카모리 아오코. 소꿉친구인 쿠로바 카이토는 마술로 아오코를 놀리고 이에 화가 난 아오코는 괴도 키드를 이길 수 없을 거라면서 카이토를 도발한다. 이에 카이토는 괴도 키드를 잡겠다고 반 아이들 앞에서 선언한다. 한편, 8년 만에 다시 등장한 괴도 키드로 경찰청은 대혼란, 특히, 아오코의 아빠인 나카모리 반장은 괴도 키드 전담 형사로 괴도 키드 사건에 사활을 건 인물. 나카모리 반장은 괴도 키드를 체포하겠노라 다짐한다.아버지이자 세계 최고의 마술사인 쿠로바 도이치가 괴도 키드임을 알게 된 카이토. 그리고 아버지의 죽음이 사고가 아닌 괴도 키드의 일 때문이라는 사실을 알게 된다. 이에 카이토는 아버지의 조수였던 지이와 재회하며 아빠의 죽음의 진상을 파헤치기 위해 제2대 괴도 키드가 되기로 결심하는데...
언제나처럼 나카모리 반장을 따돌리며 괴도 일에 승승장구하는 카이토. 보석을 훔친 어느 날, 근처에 있던 공중전화가 울리고 이를 받자 괴도 키드에게 경고를 하는 의문의 목소리. 이를 대수롭게 여기지 않고 카이토는 다시 ‘블루 버스데이’로 불리는 보석을 훔치기로 한다. 보석을 훔치고 아오코의 생일 파티에 가려고 하자 경고를 했던 목소리의 인물이 등장, 괴도 키드의 정체를 알고 있는 의문의 인물을 통해 아버지의 죽음이 어떤 특별한 보석과 연관이 있음을 알게 된다. 목숨을 위협받는 상황에서 카이토는 위기를 벗어나고 아오코의 생일 파티에도 참석해야 하는데...
아버지의 조수였던 지이가 운영하는 당구장 ‘블루 페럿’이 깡패 조직에게 얽혀 폐쇄 위기에 처한 걸 알게된 카이토와 아오코. 또한 최고의 당구 선수에게 주어지는 다이아몬드가 박힌 당구큐를 깡패 조직의 술수에 휘말려 뺏겼다는 사실을 듣게 된 카이토는 지이에게 다시 되찾아 주기 위해 그들의 소굴로 들어가기로 결심한다. 카이토와 대결을 벌이게 된 상대 선수는 이전에 지이와 대결을 했던 프로 당구 선수로 실력만큼은 진짜. 과연 카이트는 그를 이기고 지이에게 당구큐와 함께 블루 페럿도 지킬 수 있을까?
런던에서 온 유학생이자 고등학생 탐정 하쿠바 사구루. 그는 사건을 차례차례 해결하며 주목을 받는다. 카이토는 명화 ‘아담의 미소’를 훔칠 것을 예고하고 경찰과 함께 있던 하쿠바와 마주친다. 첫 번째 대결에서 하쿠바를 이기고 명화를 훔치는 데 성공한 카이토. 다음날, 같은 반으로 전학을 온 하쿠바는 나카모리에게 데이트 신청을 하고 카이토는 괴도 키드한테 졌다면서 하쿠바를 도발한다. 이에 하쿠바는 나카모리와의 데이트를 두고 카이토와 ‘괴도 키드 체포’라는 내기를 제안한다. 두 사람의 자존심을 건 두 번째 대결, 과연 이 대결은 누가 이길 것인가?
카이토는 지이로부터 고대부터 내려오는 마술사와 마법사의 악연을 듣는다. 한편, 발렌타인 날에 아오코는 카이토에게 초콜릿을 전해 주고자 한다. 한편, 같은 반 친구이자 전학 온 코이즈미 아카코는 적마술의 정통 후계자로 자신에게 매료되지 않은 카이토를 보고 놀라며 ‘자신에게 반하지 않는 남자는 괴도 키드뿐’이라는 예언을 떠올리며 카이토가 괴도 키드라는 의심을 가진다. 이에 아카코는 카이토를 자신의 부하로 만들기 위해 주술을 거는데...
‘블랙 스타’라 불리는 보석을 훔치기 전, 지이는 카이토가 위험에 처할까 봐 걱정을 한다. 지이를 안심시키던 카이토는 과거 궁지에 몰렸던 범행을 떠올린다. 과거 어느 날, 아오코와의 추억이 깃든 시계탑을 훔치겠다고 예고한 카이토. 범행 당일, 평소와는 달리 경찰의 철두철미한 경비에 어려움을 겪는데 알고 보니 상대할 적은 나카모리 반장 뿐만 아니라 어떤 인물도 있었다. 자신의 수법과 도주 방법까지 속속들이 맞추는 새로운 라이벌의 등장, 과연, 카이토는 괴도 키드로서 예고한 범행을 무사히 성공할 수 있을까?