지구와 거의 모든 게 비슷한 다른 차원의 어떤 세계. 한 가지 다른 게 있다면 이 세계에는 메카니멀이 존재한다는 것이다. 초등학교 5학년생 나찬은 메카니멀 배틀 실력이 영 좋지 않은 평범한 소년. 어떻게 하면 강해질 수 있을지 고민하던 나찬은 자신의 집에서 낡은 책을 발견한다. 그리고 책 속에서 '에반'이라는 이름과 함께 낯선 메카니멀의 그림과 지도를 보게 되는데…
배틀을 신청하고 이기면 상대의 메카니멀을 빼앗아간다는 메카니멀 사냥꾼 마이트. 아라는 마이트가 또 옆 반 아이의 메카니멀을 빼앗아갔단 얘기를 듣더니 화를 참지 못하고 마이트를 찾아간다. 하지만 아라는 배틀에 패배하고 하나뿐인 메카니멀, 파워 드래곤을 빼앗긴다. 찬은 안타까운 마음에 자신이 마이트와 배틀을 해 파워 드래곤을 되찾아오기로 결심하는데...
새로운 메카니멀 친구를 맞이하기 위해 거리로 나선 아라. 메카니멀이 좀처럼 발견되지 않는 가운데 괴한들에게 쫓기는 여성을 발견한 아라는 여성을 도와주려 했으나 사실 그것은 영화 촬영 현장이었다. 감독님의 부탁으로 촬영을 돕기로 한 아라와 나찬. 그리고 촬영이 시작되려는 순간, 메카니멀 레이더가 울리기 시작하는데…
찬의 학교에 도깨비단을 자처하는 쌍둥이 초코와 캔디가 전학을 온다. 블랙미러의 리더 케인이 전학을 올 거라고 기대했던 아라는 초코&캔디와 다투게 되고 배틀로 대결까지 하기로 한다. 하지만 초코와 캔디는 아직 메카니멀이 없었고, 테이머 없는 메카니멀을 발견했지만 메카니멀 없이는 테이밍 배틀을 할 수도 없어서 고민하는데…
1년마다 열리는 메카니멀 챔피언십의 올해 개최지로 찬이네 마을이 선정되며 축하 행사가 열리게 된다. 작년 우승자인 케인은 마이트와 특별 배틀 무대를 갖고 마이트와 팽팽한 대결을 벌인다. 그리고 배틀 후 케인은 찬에게 달려가는데…
마을 근처 숲에서 아이들이 사라진다는 소문이 돌고 있다. 초코가 사라졌다는 캔디의 말에 찬과 친구들은 초코를 찾아 나서지만 마이트는 바쁘다며 빠진다. 그러나 마이트는 누구보다 먼저 초코를 찾아내고 싶어 숲 속에 홀로 들어가고 그곳에서 이상한 웃음소리를 듣게 되는데…