테이센 학원'에 찾아온 교사 요시자와 츠네오. 그는 담임이 몇 번이나 바뀐 문제 학급 3학년 D반의 담임을 맡는다. 교실에 들어선 요시자와에게 반항적인 태도를 보이는 학생들. 하지만 요시자와는 개의치 않고 웃는 얼굴로 학생들을 대한다. 요시자와에게 반항하던 학생들은 자신들의 어떠한 행동에도 흔들리지 않는 그를 보며 점점 초조한 마음을 느끼고, 더욱더 위험한 공격을 가하는데... 이윽고 요시자와의 학생들의 싸움의 막이 오른다.

후지와라 토야는 결국 요시자와를 없애는 방정식을 세우자고 모두에게 선언한다. 리키와 유미, 나기는 내키지 않지만 토야의 강압적인 태도에 결국 요시자와를 없앨 계획을 함께하게 된다. 한편, 요시자와는 연인 마에노 시즈카를 찾아가 그녀에게 있었던 과거의 일을 떠올리며 누워 있는 그녀 앞에서 어떠한 다짐을 새긴다. 그리고 오랫동안 등교를 거부하고 있었던 이부키 메이를 찾아가 다시 등교해 줄 것을 권유하고, 갑작스럽게 찾아온 그를 무시하던 메이는 의외의 공통점에 조금씩 마음을 연다.

요시츠네를 없애는 방정식을 세운 아이들. 하지만 리키에 이어 나기까지 요시츠네를 없애는 것에 실패하고, 토야는 초조함을 느낀다. 결국 토야는 유미를 달콤한 말로 꾀어내 요시츠네를 없애라고 지시하고, 2년 전 엄마에게 받은 배신의 상처를 토야에게 치유받은 유미는 지시에 따른다. 아이들 앞에 선 요리타는 더욱 구체적으로 요시츠네를 없애는 방법을 제안하고, 그런 가운데 요시자와를 없애는 데에 실패한 나기는 요리타에게 요시자와의 약점을 찾아오라는 지시를 받는다. 나기는 몰래 요시자와의 뒤를 밟아 시즈카가 입원한 병원까지 찾아가는데...

영리한 사람'과 '영리하다고 생각하는 사람'의 차이에 대한 수업을 시작하는 요시자와 츠네오. 요시츠네에게 자존심이 꺾인 후지와라 토야의 분노는 최고조에 달한다. 참지 못하고 요시자와를 칼로 찌르려 하던 토야를 저지하는 요리타. 요리타는 토야를 달래며 좀 더 머리를 이용해 요시츠네를 살해하도록 지시한다. 때마침 나기에게 요시츠네의 연인, 시즈카가 입원한 곳에 대한 정보를 알게 된 토야는 그녀를 납치할 계획을 세운다. 이윽고, 요시자와를 없애는 방정식을 실행하려는 아이들은 아사히의 계획대로 어떤 장소에 모이게 되는데...

부담임 요리타 아사히의 재촉으로 담임이었던 요시자와 츠네오의 시체를 묻은 후지와라 토야, 나가이 유미, 오오키 나기, 츠루기 리키는 각자 죄책감에 시달리고 있었다. 하지만 눈엣가시였던 요시자와가 사라지고 들뜬 아사히는 주변 사람들에게 학급 운영에 고민하던 요시자와가 스스로 자취를 감춘 것처럼 이야기하고, 나아가 3학년 D반의 담임을 맡게 된다. 마침내 요시자와의 연인, 시즈카의 병실까지 찾아간 아사히는 시즈카를 이렇게 혼수상태로 만들었던 과거의 일을 떠올리며 그녀가 누워 있는 침대로 다가간다. 그런 가운데 유미는 엄마에게 요시자와와 관련된 뜻밖의 이야기를 듣고 충격을 받는다. 요시자와는 좋은 선생님이었다고 생각하기 시작한 유미는 안절부절못하게 되는데...

이부키 메이의 의식에 의해 기적이 일어난 것일까? 번개와 함께 죽었던 것이 분명한 담임, 요시자와 츠네오가 땅속에서 살아나온다. 요시자와의 머릿속에는 3학년 D반의 학생들에 대한 분노의 감정만이 되살아난 듯, 복수의 불꽃이 어린 눈동자를 한 요시자와의 모습은 메이가 알고 있었던 그의 모습과는 확연히 달랐다. 같은 시각, 토야는 자수를 결심한 유미를 없애기 위해 늦은 밤 학교로 불러낸다. 유미를 죽이기 위해 목에 로프를 감은 순간, 눈앞에 나타난 요시자와의 모습에 모두 놀라고 만다. 드디어 어둠의 요시자와의 복수극이 막을 올리는데...