졸업반 무도회의 밤을 앞두고, 콜 힐 고등학교에서는 학생들이 실종되는 사건이 발생한다. 수상한 그림자의 존재를 하나, 둘 눈치채기 시작하며 긴장하던 중, 무도회의 날이 되어 모두가 한 자리에 모인다. 갑작스러운 그림자족의 공격으로 찰리와 퀼 선생님은 외계인이었음이 밝혀지고, 그들은 에이프릴, 타냐, 램과 힘을 합쳐 그림자족에 대항한다.

레이첼의 죽음의 충격에서 벗어나지 못한 램의 앞에 인간을 산채로 먹어버리는 무시무시한 외계인이 나타난다. 그리고 며칠 후, 찰리와 그의 친구들 앞에도 이 외계인이 모습을 드러낸다. 과연 이들은 다시 한번 힘을 합쳐 이 외계인을 무찌를 수 있을 것인가. 외계인과 싸우는 험난한 여정이 다시 한번 펼쳐진다.

어두운 밤, 누군가 아이들의 방 창문을 두드린다. 그 아이들 앞에 나타난 것은 이미 죽은 사람들이라는 놀라운 사실. 슬픔과 그리움의 감정이 뒤섞이고, 두려움과 동시에 용서를 비는 마음으로 그들은 각자의 상처와 슬픔을 마주한다. 과연 이들은 마음의 고뇌를 이겨내고 힘을 합쳐 외계인을 물리칠 수 있을 것인가.

그림자족의 왕, 코라카이누스와 심장을 공유하고 있는 에이프릴은 점점 자신의 몸이 그에게 지배당하고 있음을 느낀다. 그리고 설상가상으로 끊임없이 증식하는 외계인까지 시공간의 틈을 통해 지구로 오게 되는데... 갑작스러운 아버지의 출현, 외계인 그리고 그림자족까지. 과연 에이프릴은 그녀의 친구들과 힘을 합쳐, 이 난관을 잘 극복할 수 있을 것인가.

에이프릴과 램이 심장을 되찾기 위해 그림자족의 세계로 떠난 후, 지구에는 무한 증식하는 꽃잎 외계인이 지구를 삼키려 하고 있다. 새 교장, 도로시가 드디어 찰리와 퀼 앞에 정체를 드러내고, 꽃잎 외계인을 없애는 방법은 로디아의 캐비닛을 무기화하는 방법 뿐이라고 찰리를 설득한다. 종족의 원한을 갚을 것인가, 아니면 지금 사랑하는 사람들을 지킬 것인가. 갈림길에 선 찰리, 그는 과연 어떤 선택을 할 것인가?

진실을 말하게 하는 신비한 돌이 나타난다. 어려운 일들을 함께 헤쳐나가며 찰리와 친구들은 그들이 더욱 돈독해졌다고 생각하지만, 한편으로는 서로에게 숨겨왔던 말 못할 고민들이 있다. 어느 날, 방과 후 학교에 갇힌 아이들은 시공간의 틈으로 떨어진 유성을 줍게 되고 이들은 이상한 힘으로 인해 차례로 마음에 담아놓은 이야기를 고백하며 서로에게 상처를 준다, 이들은 과연 외계인의 함정에서 벗어날 수 있을 것인가.