Crystal Mantecon

El comienzo de la temporada encuentra a Michael Scofield en Sona, una prisión panameña infernal y mortal donde un motín anterior ha forzado a salir a todas las autoridades y ha dejado a los prisioneros a cargo de sus propias vidas (y muertes). Con el destino de sus seres queridos en juego, Michael debe encontrar a Whistler, un misterioso compañero de recluso que se esconde dentro del sistema de alcantarillado de la prisión, para sacarlo de una prisión de la que no hay salida. Mientras tanto, Lincoln busca a la desaparecida Sara y recibe noticias preocupantes sobre LJ.

Michael va tras la búsqueda de Gretchen quien luego es aparentemente asesinada por el nuevo agente de la compañía. Whistler y Mahone están en Los Angeles y se unen a La Compañía para tenderle una trampa. Gretchen le confiesa a Michael que Sara está viva. Tras un motín en Sona, T-Bag, Bellick y Sucre logran escapar. Lincoln es arrestado en Panamá.

Después de haber fracasado en su intento de rescate, Lincoln recibe una amenaza mortal de La Compañía. Michael comienza su plan de escape de Sona. Mahone está obsesionado con alucinaciones en donde aparece Haywire. T-Bag se convierte en miembro del grupo de Lechero. Bellick intenta entregar a Michael pero fracasa

Un nuevo recluso entra a Sona, poniendo nervioso a Whistler y aumentando las sospechas de Michael. Lincoln planea un escape con Sofia mientras Susan les presiona para acelerar la fuga. T-Bag desafía a su destino con su última atracción. Sucre intenta meter la mercancía en Sona.

Michael y Lincoln deben entregarle a Whistler a Susan para salvar la vida de LJ y Sofia. Mahone aprovecha una gran oportunidad. T-Bag se convierte en el nuevo jefe de Sona. Un rostro conocido entra a Sona, mientras otro sale sin vida.