Basándose en unos textos que han permanecido ocultos durante setecientos años en el Vaticano, el documental narra los intentos de la Inquisición en el siglo XIV por acabar con la herejía cátara que permanecía viva en la Occitania francesa desde el siglo XII en el que fuera fundada la Institución con el objetivo de erradicar el catarismo.

El documental narra los orígenes de la Inquisición en España y recrea los acontecimientos ocurridos en el siglo XV siguiendo los testimonios contenidos en Los Archivos Secretos de la Inquisición que el Vaticano sacó a la luz en 1998 tras siete siglos .

A comienzos de 1500 el Luteranismo se propaga incontrolable por el norte de Europa gracias a la imprenta. En el sur el ducado de Venecia desafía la autoridad secular del Papa en la península itálica, gracias a su hegemonía económica, lograda en parte por el comercio con los herejes del norte.

Después de más de cinco siglos velando por el rigor de la Fe Católica, el Santo Oficio convive en pleno siglo XIX con el auge de los nacionalismos y la ciencia. Las libertades conquistadas por la Revolución Francesa se extienden por Europa gracias a las tropas napoleónicas.