Na een schoorvoetend akkoord om informatie te delen met Rosalind en de ATCU, zijn Coulson en het team op zoek naar de Inhuman die andere Inhumans doodt, en May vindt dat Hunters missie om Ward te pakken te persoonlijk is.
Skye wordt verscheurd tussen haar loyaliteit aan S.H.I.E.L.D. en haar link met de Inhumans als de spanningen tussen de groepen stijgen. Coulson onthult een geheim dat hij zelfs niet heeft verteld aan hen die hem het meest na staan.
S.H.I.E.L.D. riskeert alles om een oorlog te overleven die de scheidslijn tussen vriend en vijand vervaagt. Coulson en z'n team worden gedwongen vreselijke offers te brengen die hun relaties en hun wereld voorgoed zullen veranderen.
S.H.I.E.L.D. blijft verbaasd en gedecimeerd achter wanneer Hive Inhumans naar zijn kant blijft trekken. Agenten Fitz en Simmons volgen een spoor waarmee ze mogelijk de maniakale Onmenselijke kunnen stoppen, voor eens en altijd.
Coulson en zijn team strijden tegen Hive's controle over Inhumans, als het dodelijke plan van hun vijand voor het menselijk ras bekend wordt.